[发明专利]一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法

权利要求书

1.一种基于转录组数据筛选凡纳滨对虾高质量的SNP的方法，其特征在于，所述筛选方法包括以下步骤：

S1.生物取样：选取快速生长和慢速生长的两种凡纳滨对虾个体，分别收集200或以上个体数所需的组织或器官，提取RNA；

S2.文库构建与测序：用第二代高通量测序平台测定步骤S1中所述的RNA序列，构建文库；

Fastp软件去除低质量序列以及包含测序接头、poly-N的序列；

用Bowtie2软件将所述Fastp软件处理过的序列比对到rRNA数据库移除核糖体RNA；

去除核糖体RNA之后的序列通过TopHat2软件与所述凡纳滨对虾参考基因组比对，确认SNP位点；

S3.SNP鉴定：用GATK默认参数调用SNPs并过滤；

筛选质量分数quality大于30的，获得x1个假定SNPs；

再筛选阅读深度大于等于10，获得x2个假定SNPs；

最后筛选MAF大于0.05的SNPs，获得x3个假定SNPs，所述MAF为最小等位基因频率；

然后用双尾Fisher精确检验来确认快速生长个体和慢速生长个体之间x3中每个SNP的最小等位基因频率差异的显著性；

计算x3中每个SNP的p值和AFI，经Bonferroni校正后，筛选p值0.05/x3且AFI值4或AFI值0.25的SNPs，作为高质量的SNP，所述AFI为等位基因频率的不平衡数，即快速生长个体等位基因频率与慢速生长个体等位基因频率的比值；

S4.SNP验证：根据所述凡纳滨对虾参考基因组序列，设计引物并扩增了SNPs的侧翼序列进行DNA混池测序验证SNP的真实性；

步骤S3中的x1代表从转录组中，筛选质量分数大于30的假定SNPs数量；x2代表从x1中，筛选阅读深度大于等于10的假定SNPs数量；x3代表从x2中，筛选MAF大于0.05的假定SNPs数量；

步骤S3和S4中的SNPs为SNP的复数形式。