[发明专利]一种与猪肉肉色相关的分子标记、检测方法、检测试剂盒及应用

说明书

本发明属于生物体的检测与识别技术领域，尤其涉及一种与猪肉肉色相关的分子标记、检测方法、检测试剂盒及应用。本发明根据构建NUDT7基因启动子置换双荧光素酶报告载体确定影响猪肉肉色的致因突变，在启动子上的突变位点设计特异性引物并进行扩增，利用限制性内切酶NheI对该位点进行多态性检测，根据多态性检测的结果来区分猪个体间肉色差异。

技术领域

本发明属于生物体的检测与识别技术领域，尤其涉及一种与猪肉肉色相关的分子标记、检测方法、检测试剂盒及应用。

背景技术

中国是世界上最大的生猪饲养与猪肉消费国。随着物质生活水平的提高，人们对猪肉的追求逐渐从“吃得饱”过度到“吃得好”。猪肉颜色是影响消费者选择的重要指标，是影响消费者购买力比较直观的因素之一，但是调控猪肉肉色的候选基因及其分子标记鲜见报道。因此，对于肉色的遗传改良逐渐成为优质种猪育种工作的重要研究方向。

肉色与畜禽的品种、年龄和性别、肌红蛋白含量及表现形式、血红素含量等很多因素有关。遗传因素是改变肉质的重要因素，通过标准的选择方法很难从基因上改善肉质包括肉色，但如果能够确定和定位与肉质相关的基因，就加大了实现的可能。通过数量性状基因座(QTL)定位研究肉质性状是当前比较流行的研究。已有报道证明，少数主效基因和数量性状核苷酸(QTN)会影响肉的颜色，包括酸肉基因PRKAG3和RYR1基因等。NUDT7(Nudix水解酶7)是一种蛋白质编码基因，M.Taniguchi等人研究表明，上调猪NUDT7基因的表达量可以降低琥珀酰辅酶A的含量，从而导致骨骼肌中血红素生物合成的下调，这可能部分解释了家畜品种间肉色的差异。同年，该作者另一项研究表明日本野猪和大白猪的肉色差异部分是由该候选基因的差异表达引起的。其中，利用日本野猪和大白猪的基因组DNA对猪的NUDT7基因的全序列进行比较，共鉴定出116个遗传多态性，包括113个SNP和3个indels。在该基因的5’启动子区域，4个转录因子识别位点上鉴定出3个SNP，包括c-Ets-1(–7998TC),CdxA(–4187GA),MZF1(–3064AG),and Nkx-2(–3064AG)。在大白猪中检测到的序列与转录因子识别的序列相同，而日本野猪的基因型与之不匹配。

由此可见，NUDT7是影响猪肉肉色变异的重要功能候选基因，但是时至今日，仍未见有关该基因功能性突变位点被鉴定的研究报道。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种与猪肉肉色相关的分子标记、检测方法、检测试剂盒及应用，目的在于解决现有技术中的一部分问题或至少缓解现有技术中的一部分问题。

本发明建立一种能够在较短时间内判断猪肉肉色的方法，并辅助育种。本发明是这样实现的，一种与猪肉肉色相关的分子标记，其特征在于：所述分子标记为rs324204832，TC多态性位点。

本发明还提供了一种用于检测如上述的分子标记的引物对，其特征在于：所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：4-5所示。

本发明还提供了一种检测猪肉肉色的试剂盒，包括根据上述的多态性位点确定样品基因型的试剂。

进一步地，包括如上述的引物对。

本发明还提供了一种猪肉肉色检测方法，利用上述的引物对对猪基因组DNA进行PCR扩增，扩增产物用NheI限制性内切酶酶切，若酶切产物有三条带，即产物长度分别为416bp，318bp和98bp，则该个体的基因型为AB型；若个体的酶切产物有一条带，即产物长度为416bp，则该个体的基因型为BB纯合型；若个体的酶切产物有两条带，即产物长度分别为318bp和98bp，则该个体的基因型为AA纯合型；BB型个体具有较低的肉色值。

进一步地，利用凝胶电泳检测扩增产物的片段长度。

本发明还提供了如上述的分子标记、或引物对、或试剂盒、或检测方法在猪肉质性状相关分子标记辅助育种中的应用。