[发明专利]一种KCNQ1基因检测试剂盒及检测方法

权利要求书

1.一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：检测方法包括以下步骤：

A、DNA提取；

B、基因组DNA进行质检；

C、构建扩增子靶向捕获文库；

D、对制备好的文库进行上机测序；

E、对数据结果进行标准分析；

F、数据质控；

G、变异检测结果。

2.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤A具体方法如下：取全血样本200微升，采用萃取方法提取全基因组DNA，使用Nanodrop2000对DNA型质量检测和浓度测定；其中，A260/280比值在1.8～2.0，A260/230比值在1.7～1.9判定为合格，最后将合格的DNA样品统一稀释至100纳克/微升。

3.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤B具体为：采用Qubit对DNA浓度进行精准定量；一般OD值在1.8～2.0之间，DNA总量大于40ng，满足建库标准的DNA样本将用于后续建库测序。

4.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤C具体操作如下：利用多重PCR技术和KCNQ1基因特异性多重PCR引物，同时对基因组DNA上的多个目标区域进行扩增，得到扩增子，然后通过PCR的方式将二代测序接头添加到扩增子的两侧，得到扩增子文库，进行二代测序，获取目标区域的序列信息。

5.根据权利要求4所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：按照文库构建流程进行操作，具体操作如下：

1)取1μl文库使用Qubit dsDNA HS Assay Kit进行定量，记录文库浓度，文库浓度约在10-50ng/μl；

2)取1μl样品使用Agilent 2100Bioanalyzer system进行文库片段长度测定，文库长度约在300-450bp之间。

6.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤D采用illumina nova进行上机器测序，采用PE150，每样本数据量不低于1G。

7.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤F具体为：测序得到的原始数据中，会存在少量reads包含接头信息、低质量碱基或未检出的碱基，需要对Raw reads进行初步过滤，得到Clean reads，后续分析都基于Clean reads进行。

8.根据权利要求7所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：其中，数据过滤的内容主要如下：

(1)以8bp滑窗的方式，剪切掉平均碱基质量值小于20的序列；

(2)去掉序列尾部的接头序列；

(3)如果序列首碱基或尾碱基小于20，则会直接剪切掉该碱基；

(4)通常情况下载，去除完后若剩余序列长度小于40，则丢弃该对序列。

9.根据权利要求1所述的一种KCNQ1基因检测方法，其特征在于：所述步骤G中基于与基因组参考序列比对的bam结果，采用samtools、GATK软件寻找SNP和InDel，然后运用ANNOVAR软件对SNP，InDel位点进行注释，确定突变位点对应的基因信息、功能信息、有害性。

10.一种KCNQ1基因检测试剂盒，其特征在于：所述基因检测试剂盒包括上述权利要求1-9任意一项所述的检测方法。