[发明专利]一种评价生物滤池反冲洗效果的方法有效
申请号: | 202110490212.2 | 申请日: | 2021-05-06 |
公开(公告)号: | CN113462747B | 公开(公告)日: | 2023-06-27 |
发明(设计)人: | 柏耀辉;林慧;周洁;王东麟;曲久辉 | 申请(专利权)人: | 中国科学院生态环境研究中心 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/689;C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
代理公司: | 北京瑞盛铭杰知识产权代理事务所(普通合伙) 11617 | 代理人: | 郭晓迪 |
地址: | 100085*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 评价 生物 滤池 冲洗 效果 方法 | ||
1.一种评价生物滤池反冲洗效果的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)分别采集生物滤池反冲洗前以及反冲洗后不同恢复时间的滤料样品;
(2)提取步骤(1)采集的滤料样品中微生物的DNA并进行基因测序,获得基因测序数据;
(3)对步骤(2)获得的基因测序数据进行处理,计算每个滤料样品中微生物的物种丰度,获得物种丰度数据集,其中,运用Wilcox非参数检验筛选出反冲洗前后物种丰度发生显著变化且变化大于2倍的微生物,以筛选出的微生物的丰度形成所述物种丰度数据集;
(4)以步骤(3)获得的物种丰度数据集作为响应变量,以是否进行反冲洗处理作为解释变量,以反冲洗后的恢复时间作为协变量,建立主响应曲线PRC模型,以反冲洗前滤料样品中微生物的物种丰度为参考值,提取反冲洗后不同恢复时间的典范系数,作为评价生物滤池反冲洗效果的指标,
所述方法还包括:以反冲洗后的恢复时间为横坐标,以典范系数为纵坐标,构建loess局部加权回归拟合曲线并以该曲线评价生物滤池反冲洗效果,
在步骤(2)中,对微生物DNA的16S rRNA V3-V4区段进行双末端测序;
在步骤(3)中,获得物种丰度数据集的方法包括:
对获得的原始测序数据raw reads进行去杂、去引物、去接头、过滤低质量reads,得到高质量数据clean data;
对clean data依次进行合并双端数据、去除低质量reads、去噪、去冗余,生成扩增子序列变异ASVs;
对ASVs进行物种注释并计算每个滤料样品中微生物的物种丰度,
其中,使用QIIME2对clean data进行处理生成ASVs;使用q2-quality-filter q-score-joined根据质量得分phred4去除低质量reads;使用QIIME2的q2-feature-classifier运用预先训练好的Naive Bayes分类器进行物种注释;使用Greengenes 13_8按99%聚类操作分类单元OTUs序列中的V4区段训练所述分类器。
2.根据权利要求1所述的评价生物滤池反冲洗效果的方法,其特征在于,在步骤(4)中,使用R软件包vegan建立主响应曲线PRC模型。
3. 根据权利要求1所述的评价生物滤池反冲洗效果的方法,其特征在于,在步骤(2)中,使用Illumina NovaSeq 6000和/或Illumina MiSeq高通量测序仪进行测序,测序模式选择PE250、PE150、PE300中的至少一种。
4. 根据权利要求1所述的评价生物滤池反冲洗效果的方法,其特征在于,使用qiimevsearch join-pairs合并双端数据;使用qiime deblur denoise-16S识别和过滤嵌合子以进行去噪。
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