[发明专利]检测PKD1变异单精子的引物组合物、产品及方法

说明书

本发明提供了一种检测PKD1变异单精子的引物组合物、产品及方法，所述引物组合物包括可特异扩增PKD1基因及其上下游2Mb范围内SNP所在区域引物，本发明可以对变异精子进行遗传标记，从而区分男方高致病性风险单倍型。

【技术领域】

本发明涉及胚胎移植检测技术领域，尤其涉及一种检测PKD1变异单精子的引物组合物、产品及方法。

【背景技术】

单基因或孟德尔疾病主要归因于单一的遗传变异。已知的单基因疾病大约有10000种，虽然个别单基因疾病是罕见的，但所有单基因疾病在出生时的全球总患病率约为1％，它们几乎占儿童死亡率的20％。因此生育单基因病儿童风险增加的夫妇可通过生殖选择来减轻这种风险。产前诊断可以确定正在发展中的妊娠的遗传状况，然而，得知怀孕受到影响的患者往往面临终止妊娠的艰难决定。因此，这些患者可以选择植入前基因检测(PGT)。单基因病的PGT(PGT-M) 包括对体外受精(IVF)产生的胚胎进行活检，通常适用于已知致病变异的单基因疾病。

PGT-M最大的挑战之一是模板DNA含量低，需要敏感的DNA扩增技术。活检单个(极体(PB)或卵裂球)或少数细胞(5-10个滋养层(TE)细胞)，通过多重PCR或全基因组扩增(WGA)反应，待下游应用。目前，人们开发了多种全基因组扩增方法，都无法避免等位基因丢失(ADO)现象的发生。等位基因丢失(ADO)是单细胞聚合酶链反应(PCR)因扩增偏差而产生的固有缺陷，对诊断的准确性有很大的威胁。为了避免ADO的误诊，基于单倍型的连锁分析方法广泛应用于PGT-M。

单倍型，即位于同一染色体上的等位基因序列，是遗传变异的基本单位。单倍型的推断在许多分析中起着重要的作用。夫妇的单倍型是通过夫妇-孩子三人组，或男方父母-男方、女方父母-女方构建的。对于一个核心家系来说，每个单倍型都有其区分其它单倍型的遗传标记。在行PGT-M前的临床检查过程中，通过目标基因附近的遗传标记，可以对来自夫妇和相关家庭成员的DNA 样本进行分型。在有家族致病性变异的家族成员中常见的单倍型被称为高致病性风险单倍型(或突变型)，而没有家族致病性变体的单倍型称为野生型或低风险单倍型。

高致病性风险单倍型的区分依赖于核心家系成员样本的获得。但是，在实际应用中，本发明很难搜集到完整的家系成员样本；男方携带的高致病性风险单倍型源自男方染色体的新发变异，而非遗传自男方父母的情况增加了检测的困难；与此同时，行PGT-M的夫妇年龄趋大，女子卵子不足的情况也是需要考虑的问题。

因此，有必要研究一种检测PKD1变异单精子的引物组合物、产品及方法来应对现有技术的不足，以解决或减轻上述一个或多个问题。

【发明内容】

有鉴于此，本发明提供了一种检测PKD1变异单精子的引物组合物、产品及方法，可以对变异精子进行遗传标记，从而区分男方高致病性风险单倍型。

一方面，本发明提供一种检测PKD1变异单精子的引物组合物，所述引物组合物包括可特异扩增PKD1基因及其上下游2Mb范围内SNP所在区域引物。

如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述 PKD1基因为人类可特异扩增PKD1基因。

如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述可特异扩增PKD1基因的上下游序列为1-216的全部引物对。

如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述可特异扩增PKD1基因上下游2Mb范围内SNP所在区域引物的上下游序列为1-216 的全部引物对。

如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述引物组合物包括SEQID NO：1-216的全部引物对。

如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述全部引物对在目标染色体上序列唯一；位置特异的寡核苷酸具有相同的退火温度。