[发明专利]一种纳升级自动化完成1536个终点法基因分型的检测方法

说明书

本发明涉及基因检测技术领域，且公开了一种纳升级自动化完成1536个终点法基因分型的检测方法，包括以下步骤：S1、样本板制备：样本板中的一个样本的一个SNP位点反应体系：2×PARMS master mix 0.5μl，DNA template 0.4μl，ddH₂O 0.1μl；根据每个样本需要做的SNP位点数配置每个样本的Sample‑Mix，分装到96孔板或384孔板；S2、SNP板制备：SNP板中一个样本的一个SNP位点反应体系：2×PARMS master mix 0.5μl，Primer mix 0.2μl；ddH₂O 0.3μl；根据每个SNP位点需要做的样本数配制每个SNP位点的SNP‑Mix，分装到96孔板或384孔板；本发明单次实验最高通量高达1536个反应，是常规方法的4倍或16倍，同时该方法实验通量可灵活变动，也可满足常规96个或384个反应通量，经测试最佳反应体系为2μl反应体系，相比常规qPCR 10μl反应体系，试剂成本节约了80％。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体为一种纳升级自动化完成1536个终点法基因分型的检测方法。

背景技术

SNP(single nucleotide polymorphism)，单核苷酸多态性，是基因组上某些位点发生的单个核苷酸变异，是基因组上可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。SNP数量很多，作为遗传标记常被用于各类疾病相关基因研究、动植物育种、种属与个体鉴定、疾病分子遗传机制解读和靶向治疗位点的筛选等。

基因位点上的单核苷酸多态性(SNP)检测因SNP数量不同，对应样本数量差异，会选择不同分型检测方法，传统的基于实时荧光定量PCR的基因分型技术，在大量样本(育种1000-10000个，药筛100-1000)中对限定数量的SNP(一般低于100个)进行检测时存在四大技术弊端：

(1)、常规qPCR仪限定单次实验通量为96个或384个反应，当样本量或和SNP个数增多时，实验通量成为最大的限制因素。

(2)、常规qPCR基因分型技术，采用TaqMan探针法，需要针对每一个SNP设计一对特异性荧光探针和一对特异性扩增引物，当研究的SNP位点增多时，特异性荧光探针成本高昂，为研究者带来较大的经济压力。

(3)、常规基因分型方法仅适用于qPCR系统，对不能实时检测的荧光检测设备(如酶标仪)平台不兼容。

(4)、微升级反应体系对应样本的DNA使用量较多，当样本较难获取或者DNA得率较低时往往无法获得更多位点的检测结果。

为解决以上基于常规qPCR系统的基因分型检测的技术弊端，本发明公开了一种新型终点法超高通量自动化基因分型检测方法。

发明内容

(一)解决的技术问题

针对现有技术的不足，本发明提供了一种纳升级自动化完成1536个终点法基因分型的检测方法，解决了上述背景技术中所存在的问题。

(二)技术方案

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种纳升级自动化完成1536个终点法基因分型的检测方法，包括以下步骤：

S1、样本板制备：

样本板中的一个样本的一个SNP位点反应体系：2×PARMS master mix 0.5μl，DNAtemplate 0.4μl，ddH₂O 0.1μl；根据每个样本需要做的SNP位点数配置每个样本的Sample-Mix，分装到96孔板或384孔板；

S2、SNP板制备：