[发明专利]基于荧光定量PCR技术的新冠病毒核酸及突变基因检测试剂盒及其应用

说明书

本发明提供一种基于荧光定量PCR技术的新冠病毒核酸及突变基因检测试剂盒及其应用。本发明主要基于荧光定量PCR技术针对S基因突变类型N501Y进行检测。利用SEQ ID No.10和SEQ ID No.11所示引物以及碱基序列为SEQ ID No.12所示的探针即可检测出目的基因。其灵敏度达到30拷贝每毫升，特异性好，对新冠病毒的检测具有十分积极的意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及基于荧光定量PCR技术的新冠病毒核酸及突变基因检测试剂盒及其应用。

背景技术

自2019年12月起爆发的新型呼吸系统疾病，截止2021年1月中旬已在全球确诊超过九千万例，主要临床症状表现为发热、乏力、干咳。经分离鉴定，确认其病原为一种新型冠状病毒，国际病毒分类学委员会将其命名为“SARS-CoV-2”。这是目前在人体中发现的第七种冠状病毒，之前主要有6种，其中229E，OC43，NL63，HKU1四种致病性较轻，可引起轻微呼吸道疾病，其余两种SARS冠状病毒和MERS冠状病毒，可引起严重呼吸道疾病。

新型冠状病毒基因组大小为27-31kb,具有正链RNA特有的重要结构特征：即RNA链5’端有甲基化“帽子”，3’端有PolyA“尾巴”结构，是一种单节段正链RNA病毒，属于巢病毒目，冠状病毒科，正冠状病毒亚科。

国家卫健委发布的各版《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》(现更新至试行第八版)，均明确将实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸阳性列为确诊标准之一，及时准确地鉴定出SARS-CoV-2，是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)得以合理临床治疗和疫情科学防控的前提基础。而核酸扩增的方法具有窗口期短，检测灵敏度高的优点，因此通过实时荧光PCR检测新型冠状病毒核酸成为目前各大医院的首选。

然而由于新冠肺炎疫情全球持续爆发以及RNA病毒更容易在复制过程中突变，新冠病毒突变位点不断出现，这对在研疫苗的预防效果和中和抗体的疗效都带来了极大的研究风险。由于新冠病毒的新变种，英国确诊病例数量在进入12月以来猛增，科学家发现这种新变种比原始毒株的传播性高出70％，S蛋白与人ACE2受体结合亲和力提高了近千倍。因此S基因中引起亲和力增强的N501Y突变的检测尤为重要。

荧光定量PCR检测技术融汇了PCR的灵敏性、DNA杂交的特异性和光谱技术精确定量的优点，是目前临床检验中认同程度很高的一种检测技术，已广泛应用于科学研究和临床检测。但目前已上市产品中绝大多数为普通新冠病毒检测产品，一个PCR反应管一次反应只能检测普通新冠病毒，不能特异地对普通新冠病毒和高传染性的新冠突变株同时进行检测。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种基于荧光定量PCR技术的新冠病毒核酸及突变基因检测试剂盒及其应用。

本发明一方面提供了一种用于检测新冠病毒核酸S基因突变类型的试剂盒，所述试剂盒包括引物和探针，所述S基因突变类型是指A23063T；所述S基因突变类型的引物包括正向引物和反应引物，所述正向引物和反应引物分别为SEQ ID No.10和SEQ ID No.11所示；所述用于检测S基因突变类型的探针碱基序列如SEQ ID No.12所示,所述探针的两端分别标记有荧光报告基团/荧光淬灭基团。

本发明的另一方面提供了如上所述试剂盒在检测新冠病毒核酸S基因突变类型A23063T中的用途。

本发明的另一方公开了一种用于检测新冠病毒核酸及其S基因突变类型的试剂盒，所述试剂盒包括如上所述引物和探针以及以下至少任一：

a.用于检测新冠病毒ORF1ab基因的引物和探针；

b.用于检测新冠病毒N基因的引物和探针；

c.用于检测新冠病毒非突变型S基因的引物和探针；

d.用于检测内参基因的引物和探针。