[发明专利]染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质

说明书

本申请涉及一种染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。所述方法包括：获取待检测样本的Y染色体的基因组比对结果；对于AZF区域，通过染色体异常智能检测模型根据AZF区域的基因组比对结果，得到AZF区域的检测结果；对于非AZF区域，通过预设的拷贝数变异分析算法，根据非AZF区域的基因组比对结果得到非AZF区域的检测结果；根据AZF区域的检测结果和非AZF区域的检测结果，生成Y染色体的检测结果。采用本方法利用全基因组比对结果对染色体进行检测分析，不使用额外实验手段，可以提高染色体的检测效率、减少检测成本；基于机器学习模型和拷贝数变异分析算法对染色体的不同区域分别进行检测，可以提高检测的覆盖率和异常检测的准确性。

技术领域

本申请涉及基因检测技术领域，特别是涉及一种染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。

背景技术

据世界卫生组织统计，全世界育龄夫妇约有10％-15％不孕不育，而由男性引发的不育约占30％-50％。引起男性不育的主要原因为生精障碍与输精障碍。而染色体异常、基因缺陷、病毒感染与生精组织器官异常等是导致生精障碍的主要原因。目前15％-30％的男性不育原因主要是遗传异常。克氏综合症(Klinefelter syndrome)及Y染色体微缺失(Ychromosome microdeletion，YCM)均是导致男性不育非常重要的遗传病因。YCM在健康人群中发生率约为1/4000，但在不育男性中显著升高，发生频率为2％～10％。Y染色体上AZF(azoospermia factor，无精子因子区域)区域主要参与精子发生等过程，这个区域含有大量反向重复序列，容易出现缺失，从而引起与精子发生相关基因的功能丧失，进而导致生精障碍。

目前已有大量的研究表明通过检测某些STS(Sequence-Tagged Sites，序列标志位点)标签可以判断是否存在YCM。欧洲男科学协会/欧洲分子遗传实验质控网(EAA/EMQN)在2013年发布新版本YCM检测指导。该检测指导中除了标准的6个STS位点外又加了14个扩展的STS位点，可以覆盖95％以上的AZF区域微缺失。目前不同的研究者已对这个标准进行了改进或者扩展，增加了多种STS以提高YCM检测的覆盖度。目前YCM的检测区域主要集中在AZF区域，这也是最容易发生YCM的区域。但亦有文献报道TSPY-TSPY(testis-specificprotein，睾丸特异蛋白基因)区域的微缺失与男性不育也有密切关联，故检测YCM时亦有必要增加TSPY-TSPY区域微缺失的检测。Sachdev等人认为YCM可能存在人种差异，选择太少的STS检测YCM可能会遗漏一些较常见的YCM。Rozen等人对来自5个国家的2万多个样本进行AZFc区域微缺失检测，根据其研究结果可以发现AZFc微缺失有地域差异性。Simoni等人统计了多篇研究文献，发现不同国家地区AZF微缺失有显著差异。Liu等人使用NGS(NextGeneration Sequencing，下一代测序)研究了与非梗阻性无精子症(non-obstructiveazoospermia)相关的YCM，发现有许多新的YCM分布在AZF区域内部或者外部。为了增加YCM检测的精度，YCM检测区域应该扩大至整个Y染色体常染色体部分，而检测位点之间的间距应该缩小。

相关技术中，基于STS捕获技术进行YCM检测一般使用捕获技术捕获上百个STS进行高通量测序。然后对捕获探针进行定量分析，分析过程与STS PCR(Polymerase ChainReaction，聚合酶链式反应)技术原理类似，根据STS缺失情况进行YCM缺失推断。但是，基于PCR或者捕获技术进行YCM检测无法对Y染色体全染色体进行检测，存在容易漏检的问题。

发明内容

基于此，有必要针对上述技术问题，提供一种能够对Y染色体进行全染色体检测，并且能够提高Y染色体异常的检测精度的染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。

第一方面，本申请实施例提供一种染色体异常的检测方法，所述方法包括：

获取待检测样本的Y染色体的基因组比对结果；