[发明专利]一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用

说明书

本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用，属于分子生物学技术领域。本发明提供的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。本发明根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数I_g进行水稻品种籼粳鉴定。本发明提供的SNP标记用于水稻品种籼粳鉴定不仅简单而且高效精准，为分子标记辅助育种提供了分子工具和理论依据。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用。

背景技术

经过半个多世纪众多学者的研究，运用形态学、生理学、生态学、杂种亲和性、同工酶及分子标记技术，最终确认籼稻和粳稻是普通栽培稻分化最为深刻和最为主要的两个方向。一般而言，籼稻与粳稻在形态上及地理分布上都有很大的差异。我国在漫长的水稻种植过程中形成了南籼北粳的布局。但随着现代育种进程的加快，广亲和基因的发现与种间杂种优势不断利用，使得籼粳之间的界限变得越来越模糊。新的形势下对籼粳鉴定提出了新的要求。(1)稻谷收购与储存的需要。目前，稻谷的收购价在籼稻、粳稻之间存有差异，市场上一般采用观察粒形来区分籼稻和粳稻，但这并不准确；(2)稻米进口配额的需要。稻米进口过程中，籼稻、粳稻都有各自的配额；一般来说，籼稻配额不够，会产生用籼稻冒用粳稻的情况，因此也需要能够正确判别籼粳的技术支持；(3)品种管理的需要。籼稻与粳稻进行区试的要求不一样，粳稻要求相对籼稻较低；对于越来越多的籼粳杂交后代，对其进行分类显得尤为重要。因此，迫切需要一种简单有效的籼粳鉴定方法。

发明内容

为了解决上述问题，本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记、引物组、试剂盒及应用。本发明提供的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记可快速对水稻品种进行籼粳鉴定。

为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

本发明提供了一套用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记，包括40个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定，所述SNP位点的信息见下文表1。

本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记在水稻品种籼粳鉴定中的应用。

优选的，根据所述40个SNP的分型结果，通过计算粳型指数I_g进行水稻品种籼粳鉴定，I_g值在(1，0.5)时，水稻待鉴定品种鉴定为粳稻；I_g值在0.5时，水稻待鉴定品种鉴定为中间型；I_g值在(0.5，0)时，水稻待鉴定品种鉴定为籼稻；

所述粳型指数I_g的计算公式如式(Ⅰ)：

式中：

SNP_x——籼型SNP的数目；

SNP_g——粳型SNP的数目；

SNP_xg——杂合型SNP的数目。

本发明提供了上述技术方案中所述的用于水稻品种籼粳鉴定的SNP标记的引物组，包括序列如SEQ ID NO.1～120所示的引物。

优选的，每个SNP位点检测包括3条引物，分别为正向引物F1、正向引物F2和反向引物R；所述SEQ ID NO.1～120所示的引物与检测的SNP位点的对应关系见下文表2。

优选的，每个SNP位点的正向引物F1的5’端加上SEQ ID NO.121接头序列；每个SNP位点的正向引物F2的5’端加上SEQ ID NO.122接头序列。

本发明提供了上述技术方案中所述的引物组在水稻品种籼粳鉴定中的应用。