[发明专利]m5c修饰调节基因组在制备肿瘤预后评估试剂或试剂盒中的应用有效
| 申请号： | 202110147153.9 | 申请日： | 2021-02-03 |
| 公开（公告）号： | CN112725453B | 公开（公告）日： | 2022-07-12 |
| 发明（设计）人： | 祝鸿程;赵快乐;张军华;刘明;张致远;曾怡瑄;李芳芳;翟瑞萍 | 申请（专利权）人： | 复旦大学附属肿瘤医院 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886;C12N15/11 |
| 代理公司： | 上海顺华专利代理有限责任公司 31203 | 代理人： | 蒋骏杰 |
| 地址： | 200032 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | m5c 修饰 调节 基因组 制备 肿瘤 预后 评估 试剂 试剂盒 中的 应用 | ||
1.m5c修饰调节基因组在制备肿瘤预后评估试剂或试剂盒中的应用，其特征在于，该基因组包括NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF；所述肿瘤为肺腺癌。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：
其中，所述预后评估试剂为检测生物样品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表达量的试剂，
所述试剂盒包含了检测生物样品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表达量的试剂。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：
其中，所述的检测生物样品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表达量的试剂，选自：对各个基因具有检测特异性的PCR引物。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：
其中，对NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF具有检测特异性的PCR引物如SEQ ID NO:1～14所示。
5.一种肿瘤预后评估试剂盒，其特征在于：所述肿瘤为肺腺癌，所述的预后评估试剂盒是由逆转录系统、引物系统和扩增系统组成，所述的引物系统包括如SEQ ID NO.1～14所示的PCR引物。
6.一种肿瘤预后评估系统，其特征在于，所述肿瘤为肺腺癌，所述预后评估系统包括预后评估试剂盒以及安装在终端载体上的m5c-score模型，
预后评估试剂盒如权利要求5所述；
所述m5c-score模型包括PCA分析模块、打分提取模块以及m5c-score计算模块，所述PCA分析模块基于NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF的表达量对每个基因进行分析；所述打分提取模块提取每个基因的PC1和PC2打分；所述m5c-score计算模块基于下式计算样本的m5c-score：
m5c-score＝∑PC1i+PC2i
其中，i为1～7。
7.根据权利要求6所述的肿瘤预后评估系统，其特征在于：
其中，所述PCA分析模块通过R语言prcomp函数进行PCA分析。
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