[发明专利]一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法在审
申请号: | 202011596526.2 | 申请日: | 2020-12-29 |
公开(公告)号: | CN112680795A | 公开(公告)日: | 2021-04-20 |
发明(设计)人: | 徐福桥;孙子奎 | 申请(专利权)人: | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/6806 |
代理公司: | 上海点威知识产权代理有限公司 31326 | 代理人: | 胡志强 |
地址: | 200030 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 mngs 检测 病原微生物 dna 文库 构建 方法 | ||
1.一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,包括下列步骤:
1)Tn5转座打断和产物纯化,在第一无菌PCR管配制反应体系,使用移液枪上下吸打,充分混匀,然后将所述第一无菌PCR管放入PCR仪上,设定反应程序,进行反应,反应结束后,取出所述第一无菌PCR管,往其加入6X Termination Buffer,通过涡旋或移液枪上下吸打混匀手段,充分混匀后室温下孵育3~8min,往所述第一无菌PCR管内添加DNA纯化磁珠,使用移液枪上下吸打10次,充分混匀,室温静止8~12min,将所述第一无菌PCR管置于磁力架上4~6min,待所述第一无菌PCR管内溶液澄清后,移除上清,然后进行两次漂洗处理,通过移液枪移除位于所述磁力架上的所述第一无菌PCR管管底残留乙醇,打开所述第一无菌PCR管的管盖4~6min,然后取出所述第一无菌PCR管,往里加入灭菌超纯水,充分吸打混匀,室温孵育1~3min,然后重新将所述第一无菌PCR放入所述磁力加上,待所述第一无菌PCR管内溶液澄清后,吸取所述第一无菌PCR管内上清液,用于PCR反应样本;
2)PCR文库富集,将步骤1)中PCR反应样本加入到第二无菌PCR管中,随后在所述第二无菌PCR管中配制反应体系,混匀后含有PCR反应体系的第二无菌PCR管进行离心,放入PCR仪中,设定PCR的反应程序进行反应,得到扩增好的第二无菌PCR管;
3)扩增产物片段大小分选,吸取第一轮DNA磁珠加入到扩增好的第二无菌PCR管中,充分混匀,室温孵育4~6min,将所述第二无菌PCR管置于磁力加上,待溶液澄清后,将第二无菌PCR管中的上清转移至第三无菌PCR管中,丢弃磁珠,吸取第二轮DNA磁珠加入所述第三无菌PCR管中,充分混匀,室温精致4~6min,然后将所述第三无菌PCR管放在磁力架上,待溶液澄清后,移除上清,两次漂洗处理,保持所述第三无菌PCR管在磁力架上,用移液枪移除管底残留的乙醇,并打开管盖空气干燥至管中不再有残留乙醇,取出干燥好的所述第三无菌PCR管,加入灭菌超纯水,充分混匀,室温孵育2min,重新将所述第三无菌PCR管置于磁力架上,待溶液澄清后,吸取上清液转移至新的无菌PCR管中,得到可测序文库;
4)文库选择测序,洗脱下来的文库放在-20℃冰箱长期保存,后续用Agilent 2100Bioanalyzer软件包评价文库质量,文库质控合格后,根据文库大小选择测序模式。
2.如权利要求1所述的一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,所述步骤1)中第一无菌PCR管配制反应体系如下:
往第一无菌PCR管中加组分时先加入ddH2O,再加入其它组分,最后统一加入TagmentEnzyme A50。
3.如权利要求1所述的一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,所述步骤1)中设定反应程序如下:
热盖(75℃) on;
55℃ 5min;
12℃ hold。
4.如权利要求1所述的一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,所述步骤1)中漂洗处理为:所述第一无菌PCR管加入80%乙醇漂洗磁珠,孵育30s后移除上清液。
5.如权利要求1所述的一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中第二无菌PCR管中配制反应体系如下:
6.如权利要求1所述的一种mNGS法检测病原微生物的DNA文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中设定PCR的反应程序如下:
其中,步骤S4至S6进行7次循环。
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