[发明专利]一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记、检测引物对及应用

说明书

本发明提供了一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记、检测引物对及应用，涉及作物遗传育种技术领域。本发明所述SNP分子标记是通过全基因组关联分析的方法得到的，并将所述SNP分子标记定位在水稻参考基因组第11号染色体上的第27792921bp处的核苷酸单碱基突变和第11号染色体上的第26220673bp处的核苷酸单碱基突变，定位在其附近的基因为编码NBS‑LRR类抗病蛋白域的基因，证明其与水稻抗病有关。利用本发明提供的所述SNP分子标记，可以找到与白叶枯病抗性显著关联的抗性基因，并建立在抗性材料中表达的检测方法，为后续的水稻抗病育种提供基因资源。

技术领域

本发明属于作物遗传育种技术领域，具体涉及一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记、检测引物对及应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，每年由病害引起的水稻产量损失在20％以上。由稻黄单孢水稻致病变种(Xanthomonas oryzaepv.oryzae，Xoo)引起的水稻白叶枯病是世界水稻生产中最重要的细菌性病害，是当下水稻生产的三大病害之一。Xoo通过在水稻叶片的维管组织中定植和传播而引起白叶枯病，从而影响光合作用最终导致水稻严重减产。育种实践表明挖掘抗性基因并培育抗病品种是防治白叶枯病最经济有效的手段。

目前发现水稻白叶枯抗性基因(Resistance Gene，R gene)共44个，其中包含11个已经克隆的水稻白叶枯R基因，分别是Xa1、Xa3/Xa26、Xa4、xa5、Xa10、xa13、Xa21、Xa23、Xa25、Xa27和xa41(t)。R基因介导的植物抗病防御机制，主要是由基因自身抗病基因编码的抗病蛋白识别相应的由病原微生物无毒基因(Avr)编码的无毒蛋白后，进一步激活植物体内抗病信号途径，在侵染部位产生局部的细胞和组织过敏性坏死(HypersensitiveResponse，HR)反应，最终抵御病原菌的侵染及进一步扩散。受微生物病原体感染的植物由植物免疫受体识别病原体分子，从而诱导的防御反应，该受体在细胞内多表现为编码蛋白保守结构(Nucleotide Binding Site and Leucine Rich Repeat，NBS-LRR)，其中NLR结构可识别由病原体传递的植物细胞内部的效应子，因此已报道的R基因大多包含编码NBS-LRR类的白叶枯病抗病蛋白，例如已克隆的Xa1和Xa21基因。然而白叶枯病主效抗性基因由于抗病谱狭窄或为隐性基因难以直接应用于抗病育种。根据“基因对基因”假说，R基因和avr基因的互作表现为品种对小种的专化性抗性，新的病原菌生理小种的不断出现和进化直接威胁到现有抗性基因的垂直抗性。因此亟需使用新的技术手段发掘更多白叶枯病主效抗性基因并应用于水稻抗病育种中。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记、检测引物对及应用，确定全新的与水稻白叶枯病抗性相关的分子标记，并得到与白叶枯抗性显著关联的抗性基因，为后续的水稻抗病育种提供基因资源。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记，所述分子标记包括SNP_11_27792921_A_G和/或SNP_11_26220673_C_T；

所述分子标记SNP_11_27792921_A_G位于水稻第11号染色体上的第27792921bp处，且存在核苷酸单碱基突变AG；

所述分子标记SNP_11_26220673_C_T位于水稻第11号染色体上的第26220673bp处，且存在核苷酸单碱基突变CT。

本发明还提供了一组检测上述SNP分子标记的引物对，检测所述分子标记SNP_11_27792921_A_G的引物对包括上游引物1F和下游引物1R，所述上游引物1F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述下游引物1R的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示；