[发明专利]一种用于筛选SNP位点的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种用于筛选SNP位点的方法及其应用，涉及基因工程技术领域，该方法包括根据获取的N例样本基因组中的SNP候选位点的突变频率信息，将满足筛选标准的位点作为多用途SNP位点，对满足筛选标准的多用途SNP位点进行判断，使单一染色体上相邻多用途SNP位点之间的距离＞250kb～350kb。该方法能快速筛选出一批均匀分布于基因组中并且性能稳定的杂合性位点的合集，该合集具有多种广泛的用途，如应用于样本污染水平的检测、基因杂合性缺失的检测以及肿瘤基因组倍性检测中，具有检测成本更低，检测时间快且检测有效性更高等优点。

技术领域

本发明涉及基因工程技术领域，具体而言，涉及一种用于筛选SNP位点的方法及其应用。

背景技术

癌症是世界上严重危害人类健康三大疾病之一，2018年最新的全球肿瘤统计结果显示，全球估计有1819万癌症新增病例以及960万癌症死亡病例。肺癌是最常被诊断的癌症(占总病例数的11.6％)，并且是癌症死亡的主要原因(占癌症总死亡人数的18.4％)。余下发病率较高的分别为乳腺癌(11.6％)，结直肠癌(10.2％)，前列腺癌(7.1％)和胃癌(5.7％)。

众所周知，肿瘤的发生源于一系列基因变化的积累，进而导致信号通路、细胞分裂周期出现错误，过程中涉及多个关键细胞因子和受体蛋白质，这些细胞因子和受体蛋白质既是导致肿瘤发生和进展的关键要素，也是治疗肿瘤的可能靶点，而免疫逃逸助长了肿瘤的发展，但是患者个体的基因异变存在特异性，并可能随病程进展而改变，呈现出不稳定性。

因此，临床需要在诊疗全程就患者个体情况与可选药物、疗法匹配度进行诊断，也就是伴随诊断(companion diagnostic，CD)，通过检测人体内特定的基因变异，提供患者针对某种药物、疗法的反应信息，从而协助临床确定最佳的用药和治疗方式，还能够提示治疗的脱靶效应，预测与药物相关的毒副作用，实现精准治疗。

目前，免疫治疗已经逐渐证明了它在治疗肿瘤上的价值，旨在激活人体免疫系统，依靠自身免疫机能杀灭癌细胞和肿瘤组织。免疫应答过程需要人体内的HLA分子将肿瘤细胞内的新生抗原呈递到细胞表面从而被免疫细胞识别。人体内表达HLA的种类影响着可被呈递到细胞表面的新抗原的数量。HLA的多样性很高，如果病人本身的HLA所在区域发生杂合性缺失(LOH)，则病人免疫治疗的效果将降低。LOH也是伴随诊断的一个重要生物特征。目前检测LOH的算法也需要一批均匀分布在基因组范围的杂合性位点作为评估信号。

现在已经有越来越多的人基于基因测序来进行伴随诊断。基因测序检测体细胞突变需要用病人本身的正常细胞做为对照来排除胚系突变。如果取到的肿瘤样本混入其它人的DNA造成污染，将导致突变检测结果混有其他人的体细胞突变和胚系突变，造成肿瘤突变负荷(TMB)等指标偏高。而检测人源污染也可通过杂合性位点进行评估。

综上，筛选出一批均匀分布在基因组中并且性能稳定的杂合性位点将非常重要。目前基于全基因组或全外显子组的方法进行基因检测，可先用正常样本进行胚系突变检测，从而获得杂合突变位点。此种方法虽然天然的可以获得数量较多，针对性很强的杂合性位点，但由于采用全基因组和全外显子组测序，价格昂贵，患者受益有限，并且目前的全基因组或全外显子组测序的测序深度均较低，无法稳定突变频率，导致后续分析产生较大误差。目前肿瘤基因检测广泛采用目标捕获测序，通过筛选更有意义的基因区域，在控制成本的条件下能使病人获得较大的收益。然而目标捕获测序的目标范围普遍较小，且在基因组中的分布不够均匀，无法得到足够数量且均匀的杂合性位点。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于筛选多用途SNP位点的方法及其应用。

本发明是这样实现的：

第一方面，实施例提供了一种用于筛选多用途SNP位点的方法，其包括：基于获取的N例样本基因组中的SNP候选位点的突变频率信息，将满足筛选标准的位点作为多用途SNP位点，N≥3；