[发明专利]一种筛选新生抗原或新生抗原编码序列的方法

说明书

本发明公开了一种筛选新生抗原或新生抗原编码序列的方法，将待筛选新生抗原编码序列插入到原始表达载体中获得重组表达载体，然后转染未成熟的DC细胞，培养转染后的DC细胞使DC细胞成熟，成熟的DC细胞表面表达有相应的新生抗原表位肽，由成熟的DC细胞将新生抗原表位肽递呈给T细胞，诱导T细胞活化为效应T细胞，再将效应T细胞与肿瘤细胞共培养，筛选杀伤肿瘤细胞效果好的效应T细胞，从而筛选出免疫原性好的新生抗原，对应的编码序列即为筛选到的免疫原性好的新生抗原编码序列。本发明筛选新生抗原或新生抗原编码序列的方法，可以快速筛选得到免疫原性强的新生抗原，且其对应的野生型肽不具有免疫原性，这类的新生抗原是疫苗的最佳选择。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种筛选新生抗原或新生抗原编码序列的方法。

背景技术

肿瘤的发生与基因突变的密切关系已被许多研究证实。相关基因点突变、片段缺失和插入，引起了密码子同义、错义、终止或移码，会致使蛋白序列发生改变或相关功能丧失。那些由肿瘤细胞突变产生，且能够激活免疫系统的异常蛋白被称为肿瘤新生抗原。已有的动物和临床研究表明，被肿瘤新生抗原激活的T细胞能够特异性杀伤肿瘤细胞并产生免疫记忆效应，从而部分或完全消退肿瘤。

理论上，肿瘤抗原可通过“内源性”和“外源性”两种途径进行加工和递呈。内源性抗原，能够被细胞内的蛋白酶体剪切，形成8-11个氨基酸长度的短肽即I型新生抗原表位肽，再由抗原加工相关转运体将短肽转运到内质网，与内质网的MHC I(majorhistocompatibility complex I，主要组织相容性复合物I)类分子结合形成稳定的复合物pMHC(peptide-MHC)，最后经过高尔基体到达细胞膜表面，供给CD8⁺T细胞识别。与内源性抗原不同，外源性抗原，通过细胞内吞途径进入酸性内涵体，降解为10-18个氨基酸长度的多肽，即II型新生抗原表位肽，多肽与肽：MHC II分子复合物竞争结合，驱逐结合弱的肽段，随后MHC II类分子将多肽运送至细胞表面，供给CD4⁺T细胞识别。同时，MHC分子递呈抗原的过程中也存在交叉递呈的情况，又被称为非经典抗原递呈途径，即内源性抗原被降解后形成的多肽可能被MHC II类分子递呈，外源性抗原被降解后形成的多肽也可能被MHC I类分子递呈。

新生抗原的筛选流程主要包括测序、软件预测、ELISpot验证等，其中高通量测序技术是取得基因组突变信息的主要手段，目前还没有软件或者实验方法能帮助我们快速从测序数据中100％准确地筛选出能够被肿瘤细胞递呈并且具有免疫原性的新生抗原。已有的筛选肿瘤新生抗原的预测软件，大多只在预测新生抗原与MHC I类分子的亲和力上具有较高的准确度，而在预测其它方面如抗原在细胞内被蛋白酶体剪切的规律，抗原与MHC II的亲和力，pMHC与TAP的亲和力等还存在许多不足。因此，目前常见生物信息学方法预测的方法虽然快速且高通量，但仍需不断验证完善算法，提升在其它方面预测的准确性。同时，还需要配合其它筛选方法与步骤，进一步提高新生抗原筛选的准确性。