[发明专利]一种柑橘全基因组KASP标记库的构建方法及应用

权利要求书

1.一种柑橘全基因组KASP标记库的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

导入群体父母本DNA样本以及杂交子代单株DNA样本，所述群体父母本DNA样本和杂交子代单株DNA样本是通过微量DNA提取方法分别提取群体父母本以及多棵杂交子代单株得到的；

滤除所述群体父母本DNA样本和所述杂交子代单株DNA样本中的偏分离位点，得到滤除处理后的基因组VCF文件；

利用基因型填充软件将过滤后的基因组VCF文件中的未知基因型数据进行基因型填充；

对经填充的基因组VCF文件中的单碱基变异SNP数据进行过滤处理，得到可在KASP标记生成软件中使用的最终基因组VCF文件；

将最终基因组VCF文件导入所述KASP标记生成软件中，生成柑橘KASP标记库。

2.根据权利要求1所述的柑橘全基因组KASP标记库的构建方法，其特征在于，滤除所述群体父母本DNA样本和所述杂交子代单株DNA样本中的偏分离位点的过程包括：

将所述群体父母本DNA样本和所述杂交子代单株DNA样本建立文库后导入illuminanovaseq 6000测序平台，得到双端配对的fastq格式的父母本下机数据和杂交子代单株下机数据；

利用fastp数据质控软件分别对所述父母本下机数据和所述杂交子代单株下机数据的测序接头进行去除处理，得到父母本测序数据和杂交子代单株测序数据；

利用bwa序列比对软件将父母本测序数据和杂交子代单株测序数据比对到参考基因组，并利用samtools序列比对软件以及预设的基因组位置信息分别对经比对的父母本测序数据和经比对的杂交子代单株测序数据的序列进行排序；

利用picard高通量测序数据格式工具包分别对经排序的父母本测序数据和经排序的杂交子代单株测序数中的重复片段PCR进行过滤处理；

将经过滤的父母本测序数据和经过滤的杂交子代单株测序数据中的基因型数据进行合并，得到待处理基因组VCF文件，并统计待处理基因组文件中每个位点的子代基因型覆盖数，根据所述子代基因型覆盖数和预设过滤值对各个位点进行过滤；

对经位点过滤的基因组VCF文件中剩余的位点进行类型标记，并根据各个位点的标记信息确定偏分离位点，并将所述偏分离位点过滤，得到过滤后的基因组VCF文件。

3.根据权利要求1所述的柑橘全基因组KASP标记库的构建方法，其特征在于，根据所述子代基因型覆盖数和预设过滤值对各个位点进行过滤的过程包括：

设位点的子代基因型覆盖数为m，杂交子代单株总数为n，预设过滤值为0.95，计算m与n的比值，若比值小于预设过滤值0.95，则过滤对应的位点。

4.根据权利要求1所述的柑橘全基因组KASP标记库的构建方法，其特征在于，对经位点过滤的基因组VCF文件中剩余的位点进行类型标记的过程包括：

根据测序的基因型确定标记类型，若基因型为“0/1”，则标记为杂合位点，若基因型为“0/0”，则标记为纯和位点，若母本基因型为“0/0”并且父本基因型为“0/1”，则标记为nn×np，若母本基因型为“0/1”并且父本基因型为“0/0”，则标记为lm×ll，母本基因型为“0/1”并且父本基因型为“0/1”，则标记为hk×hk。