[发明专利]一种鉴别贵州地区金荞麦的SSR分子标记引物及其方法

说明书

本发明提供一种鉴别贵州地区金荞麦的SSR分子标记引物及其方法，方法包括如下步骤：以待鉴定金荞麦样本的总DNA为模板，用SSR分子标记物进行PCR扩增，得到扩增产物；对扩增产物进行毛细管电泳测序分型，得到扩增产物的分型结果；将扩增产物的分型结果用GeneMarker4.0进行峰图判读，得到等位基因矩阵；根据等位基因矩阵，通过GenALEx计算金荞麦的遗传多样性数据；基于GenALEx计算所得的遗传多样性数据，通过MEGA进行UPGMA聚类分析，构建聚类树。解决现有金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强的技术问题。

技术领域

本发明属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别贵州地区金荞麦的SSR分子标记引物及方法。

背景技术

金荞麦为蓼科植物金荞麦的干燥根茎，金荞麦又叫野荞麦、天荞麦、开金锁、野荞麦根，金荞麦有清热解毒、散风化痰、活血散淤、健脾利湿的功效，金荞麦有治疗咽喉肿痛、肺热咳嗽、肺痈痰臭、风湿痹痛、肺脓疡、痢疾的作用。

不同产地的金荞麦的药效质量差异较大。药材的“道地性”是由于各个地区生态环境差异导致药材的药效不同，特定的地理气候种植的特定的药材，才能更好地发挥药效，也是道地药材的精髓。

金荞麦产地的鉴别一直是金荞麦物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

发明内容

为了克服现有技术的缺陷，本发明提供一种鉴别贵州地区金荞麦的SSR分子标记引物及其方法，解决当前金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强的技术问题。

本发明通过如下技术方案实现：

一种鉴别贵州地区金荞麦的SSR分子标记引物，包括以下引物对：

进一步的，所述引物对的退火温度为59℃-63℃之间，所述引物对的长度在21bp-25bp之间，PCR产物长度在100bp-200bp之间。

进一步的，利用所述的SSR分子标记引物鉴别贵州地区金荞麦的方法，包括如下步骤：

以待鉴定金荞麦样本的总DNA为模板，用所述SSR分子标记引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

对所述PCR扩增产物进行毛细管电泳测序分型，得到PCR扩增产物的分型结果；

将所述PCR扩增产物的分型结果用GeneMarker4.0进行峰图判读，记录等位基因片段大小，得到等位基因矩阵；

根据所述等位基因矩阵，通过GenALEx计算金荞麦在每个居群间、每个个体间的遗传多样性数据；

基于GenALEx计算所得的遗传多样性数据，通过MEGA进行UPGMA聚类分析，构建聚类树。

进一步的，利用mCTAB法提取待鉴定金荞麦样本的总DNA。

进一步的，将待鉴定金荞麦样本的总DNA为模板之前，还包括将待鉴定金荞麦样本的总DNA进行纯化。

进一步的，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性4min；94℃变性0.5min，退火0.5min，72℃延伸1min，重复32个循环；72℃延伸10min。

进一步的，所述PCR扩增的反应体系为：ddH2O 11.8μL，10×Taq Buffer 2μL，2mMdNTP 2μL，5uM Forward primer 1μL，5uM Reverse primer 1μL，Taq DNA polymerase 0.2μL，50ng/μL的DNA模板2μL。