[发明专利]一种凡纳滨对虾的耐低温关联的SNP分子标记、检测引物及其应用

说明书

本发明公开了一种凡纳滨对虾的耐低温关联的SNP分子标记、检测引物及其应用。所述的SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQ ID NO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。根据本发明提供的方法，有利于快速提升凡纳滨对虾子代的耐低温性状，缩短耐低温对虾品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。

技术领域：

本发明属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种凡纳滨对虾低温耐受性状关联的微小染色体维持基因2(MCM2)的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用。

背景技术：

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei，俗称南美白对虾)是中国最重要的对虾养殖品种，2018年中国凡纳滨对虾养殖年产量超过176万吨，种苗年需求量超过10000亿尾，良种繁育对凡纳滨对虾养殖业具有重要意义。耐低温是凡纳滨对虾的重要抗逆性状。一方面，由于凡纳滨对虾具有较高的市场需求、环境适应性广，该种对虾已被推广到中国北方水域进行养殖，其中包括山西、陕北、山东等北方省份的海、淡水水域，耐低温成为中国北方凡纳滨对虾养殖业追求的重要抗逆性状；另一方面，在中国的春节时期，鲜活凡纳滨对虾的市场价格是平常季节的3倍以上，广东等地的对虾养殖农户经常冒险的将上市时间拖到冬季，又往往因冬季寒潮造成水温骤降引起养殖对虾大规模死亡，耐低温品种的选育也是中国南方凡纳滨对虾养殖业的迫切需求。

传统的选育方法依赖于表型选择，具有周期长、不稳定等不利因素。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的技术，分子育种方法根据有效的分子标记进行后备亲本选择，能更快速地提升子代的经济性状。SNP(SingleNucleotide Polymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性，是目前应用最广、最新的分子标记。高质量的DNA分子标记是开展分子育种的基础。目前，虽开发出了众多针对不同性状的对虾分子标记，但多未阐明分子标记的分子功能。

微小染色体维持基因2，英文名：Minichromosome Maintenance ComplexComponent 2(MCM2)，是参与启动真核基因组复制的小染色体维持基因家族的成员。在凡纳滨对虾中从未有MCM2基因的报道，也从未有研究发现该基因与低温性状相关。

发明内容：

本发明旨在提供一种凡纳滨对虾低温耐受性状关联的微小染色体维持基因2(MCM2)的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用，本发明公开的凡纳滨对虾MCM2基因的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用方法，是目前已知的常规知识或方法无法预测的，本发明的SNP分子标记可用于检测凡纳滨对虾亲本的耐低温性状，根据本发明提供的方法，可筛选耐低温能力更强的后备亲本，有利于快速提升凡纳滨对虾子代的耐低温性状，缩短耐低温对虾品系的选育周期。

本发明的凡纳滨对虾微小染色体维持基因2(MCM2)的耐低温性状关联的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQ ID NO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。

优选，第1,925碱基位置的G/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于G/G基因型个体；第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其A/A基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/C基因型个体；第3,776碱基位置的T/T基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于T/G基因型个体；第6,679碱基位置的A/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/A基因型个体。