[发明专利]检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头及其制备方法在审
| 申请号: | 202010292398.6 | 申请日: | 2020-04-14 |
| 公开(公告)号: | CN111471746A | 公开(公告)日: | 2020-07-31 |
| 发明(设计)人: | 金泰庆;万季;余涛;潘晓新;王志强;蔡雪儿;王一杏;关建洪;王奕;宋麒 | 申请(专利权)人: | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/11;C40B80/00 |
| 代理公司: | 北京冠和权律师事务所 11399 | 代理人: | 安琪 |
| 地址: | 518000 广东省深圳市南*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 检测 突变 样本 ngs 文库 制备 接头 及其 方法 | ||
1.一种检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头,其特征在于:包括P5端寡核苷酸链和P7端寡核苷酸链,寡核苷酸链上含有P5及P7引物序列,还包括a.测序引物位点SP序列;b.UMIs序列;c.样本标签Index序列;其中,P5端寡核苷酸链包括P5引物序列,其3’端依次连接测序引物位点SP序列、连接在一起的UMIs序列和样本标签Index序列,P7端寡核苷酸链包括P7引物序列,其5’端依次连接测序引物位点SP序列、连接在一起的UMIs序列和样本标签Index序列;P5与P7端寡核苷酸链除P5及P7引物序列外,其他部分序列反向互补;所述NGS文库制备接头呈Y型结构,P5及P7引物序列为分别为Y型上方的两头。
2.根据权利要求1所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头,其特征在于:所述UMIs序列为一段1-16碱基的随机寡核苷酸。
3.根据权利要求1所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头,其特征在于:所述样本标签Index序列为一段1-16碱基寡核苷酸。
4.根据权利要求1所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头,其特征在于:所述接头含3’T粘性末端。
5.根据权利要求1所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头,其特征在于:所述接头正链及负链5‘端含磷酸化基团。
6.一种权利要求1-5任一项所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头的制备方法,其特征在于:包括以下步骤:
(1)合成P5端寡核苷酸链和P7端寡核苷酸链:
寡核苷酸链包括P5/P7引物序列,还包括a.测序引物位点SP序列;b.UMIs序列;c.样本标签Index序列;
(2)接头合成及制备:
1)将步骤(1)合成的P5端寡核苷酸链和P7端寡核苷酸链进行链融合;
2)对步骤1)链融合得到的DNA进行链延伸;
3)对步骤2)产物DNA进行酶切消化,在双链末端制备出T粘性末端。
7.根据权利要求6所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头的制备方法,其特征在于:步骤1)所述链融合,具体为:
①将合成的P5和P7端寡核苷酸链溶解,并调整浓度为1-100uM,二者的溶液等浓度;
②将步骤①配置好的P5和P7端寡核苷酸链溶液等体积混合,加入等体积链融合缓冲液,混匀;
③95℃孵育10min;
④自然冷却至室温;
⑤将混合溶液中的DNA沉淀出来;
⑥乙醇溶液清洗所得DNA沉淀,晾干;并加入适量水或TE溶解。
8.根据权利要求6所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头的制备方法,其特征在于:步骤2)所述对步骤1)链融合得到的DNA进行链延伸,包括以下步骤:
①配制含Klenow酶延伸体系;
②上述体系在37℃孵育10min至24h;
③将混合溶液中的DNA沉淀出来;
④乙醇溶液清洗所得DNA沉淀,晾干;加入适量水或TE溶解。
9.根据权利要求6所述的检测低突变丰度样本的NGS文库制备接头的制备方法,其特征在于:步骤3)所述对步骤2)产物DNA进行酶切消化,包括以下步骤:
①配制含HPYCH4III酶的酶切体系;
②将上述体系在37℃孵育10min至24h;
③将混合溶液中的DNA沉淀出来;
④乙醇溶液清洗所得DNA沉淀,晾干;加入适量水或TE溶解。
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