[发明专利]ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质

说明书

本发明提供一种ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，涉及基因识别领域。该ceRNA竞争模块识别方法包括：分别根据RNA₁的表达矩阵和RNA₂的表达矩阵获取RNA₁基因模块和RNA₂基因模块，其中，RNA₁和RNA₂为miRNA靶基因。根据先验的miRNA‑靶基因调控关系数据、miRNA表达矩阵、RNA₁基因模块和RNA₂基因模块，识别得到满足条件的ceRNA竞争模块，其中，ceRNA竞争模块包括内部竞争模块和外部竞争模块。由于考虑了ceRNA内部和外部竞争情形，在模块水平下度量ceRNA内部竞争和外部竞争的强度，以及miRNA对ceRNA内部竞争和外部竞争强度的影响。因此，本发明提供的方案能够准确地识别出ceRNA竞争模块。

技术领域

本发明涉及基因识别技术领域，具体而言，涉及一种ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质。

背景技术

微小核糖核酸(Micro Ribonucleic Acid，miRNA)是一类非编码小核糖核酸(Ribonucleic Acid，RNA)分子。miRNA主要通过负调控靶基因来影响靶基因的表达水平。然而，根据内源竞争RNA(competing endogenous RNA，ceRNA) 假说，共享miRNA反应元件(miRNA response elements，MREs)的靶基因也可以通过相互竞争的方式来影响各自的基因表达水平。这些共享相同MREs又构成竞争关系的靶基因(包括编码基因和非编码基因)统称为ceRNA或miRNA 海绵。

现有技术中，申请号为CN201910684738.7的申请方案中提供了一种 miRNA海绵模块的识别方法和装置，可以识别ceRNA外部竞争模块。

ceRNA模块的竞争方式分为内部竞争和外部竞争两种方式。ceRNA外部竞争模块为不同类型RNA分子模块。而ceRNA内部竞争模块为同种类型RNA分子模块。因此，现有技术中的识别方法无法识别ceRNA内部竞争模块。

发明内容

本发明的目的在于，针对上述现有技术中的不足，提供一种ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，以解决现有技术中的识别方法无法识别ceRNA内部竞争模块的问题。

为实现上述目的，本发明实施例采用的技术方案如下：

第一方面，本发明实施例提供了一种ceRNA竞争模块识别方法，包括：

分别根据RNA₁的表达矩阵和RNA₂的表达矩阵获取RNA₁基因模块和 RNA₂基因模块，其中，RNA₁和RNA₂为miRNA靶基因。根据先验的miRNA- 靶基因调控关系数据、miRNA表达矩阵、RNA₁基因模块和RNA₂基因模块，识别得到满足条件的ceRNA竞争模块，其中，ceRNA竞争模块包括内部竞争模块和外部竞争模块。