[发明专利]微生物的多关联网络计算方法、装置、设备及存储介质有效
申请号: | 202010149870.0 | 申请日: | 2020-03-06 |
公开(公告)号: | CN111477267B | 公开(公告)日: | 2022-05-03 |
发明(设计)人: | 陈挺;王欣;杨煜清;朱丛敏 | 申请(专利权)人: | 清华大学 |
主分类号: | G16B5/00 | 分类号: | G16B5/00;G16B30/10;G16B30/20;G16B40/00 |
代理公司: | 北京华专卓海知识产权代理事务所(普通合伙) 11664 | 代理人: | 彭锐 |
地址: | 100084*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 微生物 关联 网络 计算方法 装置 设备 存储 介质 | ||
1.一种微生物的多关联网络计算方法,其特征在于,所述方法包括:
获取测序样本数据集及环境因素集
初始化所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0,其中,|node0|=N;
根据所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0、二成分高斯混合模型递归划分所述测序样本数据集和所述环境因素集,并得到所述测序样本数据集和所述环境因素集的至少两个子节点,其中,一个节点nodek+1={Xk+1,Mk+1},另一个子节点nodek+2=nodek+2={Xk+2,Mk+2},且|nodek+1|=Nk+1,|nodek+2|=Nk+2,所述nodek+1和nodek+2构成一个样本簇;
确定节点nodek+1和节点nodek+2的B′、Θ′,所述B′表征第k+1个环境条件下的环境因素与微生物之间的关联网络,Θ′表征微生物之间的关联网络。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在所述获取测序样本数集之后,根据所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0、二成分高斯混合模型递归划分所述测序样本数据集和所述环境因素集,并得到所述测序样本数据集和所述环境因素集的至少两个子节点之后,所述方法还包括:
获取所述测序样本数据集和所述环境因素集的样本簇最小值Nmin;
所述根据所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0、二成分高斯混合模型递归划分所述测序样本数据集和所述环境因素集,并得到所述测序样本数据集和所述环境因素集的至少两个子节点,包括:
根据所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0、二成分高斯混合模型递归划分所述测序样本数据集和所述环境因素集,直至节点nodek+1的Nk+1和nodek+2的Nk+2大于所述样本簇最小值Nmin。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据所述测序样本数据集和所述环境因素集的根节点node0、二成分高斯混合模型递归划分所述测序样本数据集和所述环境因素集,并得到所述测序样本数据集和所述环境因素集的至少两个子节点,还包括:
当根据所述测序样本数据集和所述环境因素集至少两个样本簇时,保留所述至少两个样本簇中的环境因素均值向量位于节点nodek+1的Nk+1和nodek+2的环境均值向量之间的样本簇。
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