[发明专利]m5C甲基化相关调节基因在肝癌预后预测中的应用

说明书

本发明属于生物医药技术领域，具体公开了m5C甲基化相关调节基因在肝癌预后预测中的应用。所述m5C甲基化相关调节基因包括NSUN4基因和ALYREF基因，用于检测NSUN4基因、ALYREF基因表达水平的试剂能够用于制备肝癌预后预测产品。通过检测NSUN4基因、ALYREF基因的表达水平，可以有效区分肝癌患者的生存期，从而为肝癌预后预测的判断提供了新途径，为临床医生对于肝癌病情分析提供了参考依据。

技术领域

本发明属于生物医药领域，具体涉及m5C甲基化相关调节基因在肝癌预后预测中的应用。

背景技术

肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是成人肝脏恶性肿瘤中最常见的疾病，在全球最常见的癌症相关死亡原因中位列第三名(占所有病例的8.2％)，是严重的公共卫生问题。尽管其治疗策略已有了长足的发展，但由于该癌症确诊晚，易转移和术后常复发，晚期肝细胞肝癌的五年生存率仍然较低。因此，研究肝细胞肝癌发生和进展的分子机制对于鉴定用于早期检测的新型生物标志物和有效治疗靶标至关重要。

越来越多的证据表明，RNA的转录后修饰在不同的癌症中起着至关重要的作用。RNA和组蛋白的遗传和表观遗传学改变已在肿瘤进展中进行了广泛研究，为开发新的治疗方式奠定基础。尽管许多RNA修饰已经被报道了，但由于整个基因组中准确定位技术限制，使得RNA修饰的调控和功能的理解仍然有限。常见的RNA甲基化位点包括5-甲基胞嘧啶(m5C)、m6A等。

可逆的m5C甲基化修饰是最常见的RNA转录后修饰之一，在调节mRNA的选择性剪接，输出，稳定定位和翻译中起着至关重要的作用。越来越多的研究表明，m5C甲基化对tRNA，rRNA和mRNA的广泛影响开始被揭示。m5C甲基化涉及一系列调节蛋白，包括m5C甲基转移酶，脱甲基酶和阅读器。甲基转移酶(甲基转移酶是以S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体，将甲基转移到胞嘧啶C形成5-甲基胞嘧啶)会增加RNA C5位置的甲基化，然后阅读器蛋白质识别并结合甲基化的mRNA，而脱甲基酶通过降解甲基化来逆转m5C修饰。即m5C甲基化修饰涉及腺苷甲基转移酶、脱甲基酶和蛋白质识别并结合的阅读器，其中，腺苷甲基转移酶作为写入器，脱甲基酶作为橡皮擦。m5C写入器蛋白包括NSUN1、NSUN2、NSUN3、NSUN4、NSUN5、NSUN6、NSUN7、DNMT1、DNMT2、DNMT3A和DNMT3B，m5C橡皮擦包括TET2，m5C阅读器包括ALYREF。越来越多的证据表明，m5C修饰在各种重要的生物学过程中起着关键的调节作用，包括mRNA的结构，稳定性和翻译。然而，对m5C甲基化相关调节基因与HCC之间的关系知之甚少，m5C甲基化相关调节基因对HCC的诊断和预后预测价值仍然未知。

发明内容

本发明的目的在于提供m5C甲基化相关调节基因在肝癌预后预测中的应用。本发明的另一目的在于提供一种肝癌预后预测试剂盒。

为实现发明目的，本发明采用的技术方案如下：

本发明利用癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据集分析参与肝细胞肝癌m5C甲基化的13个相关调节基因(NSUN1、NSUN2、NSUN3、NSUN4、NSUN5、NSUN6、NSUN7、DNMT1、DNMT2、DNMT3A、DNMT3B、TET2、ALYREF)对应的RNA表达量，同时提取相关肝细胞肝癌患者的临床信息(临床TNM分期及患者的生存时间)，并进行肝癌患者临床TNM分期、生存时间与13个相关调节基因表达之间的相关关系分析，最终发现NSUN4和ALYREF的高表达与肝细胞肝癌的关键生物学过程有关。而且，通过Lasso回归分析结果可知，NSUN4和ALYREF的高表达与肝细胞肝癌患者预后较差有关。

本发明首先提供了检测m5C甲基化相关调节基因表达水平的试剂在制备肝癌预后预测产品中的应用。

所述m5C甲基化相关调节基因包括NSUN4基因。

所述m5C甲基化相关调节基因为ALYREF基因。