[发明专利]共存的受体编码核酸区段的检测

权利要求书

1.用于鉴定来自标本的核酸样品中核酸区段共存的方法，所述方法包括：

从标本中获得核酸样品，其中所述核酸样品包含与所述标本中抗原受体分子的表达相关的多个核酸片段；

测定所述样品的所述核酸片段中第一和第二核酸区段的序列，以产生与所述样品中所述第一核酸区段对应的第一组序列和与所述第二核酸对应的第二组序列；

从所述第一组序列产生第一组探针，其中所述第一组探针的每个成员包含连接至检测部分的寡核苷酸，所述寡核苷酸与所述第一组序列的一个不同序列对应；

从所述第二组序列产生第二组探针，其中所述第二组探针的每个成员包含连接至检测部分的寡核苷酸，所述寡核苷酸与所述第二组序列的一个不同序列对应；

使从所述标本获得的检测样品暴露于所述第一组探针的成员和所述第二组探针的成员；

进行杂交分析，以确定所述第一组探针的成员是否与所述检测样品杂交，并确定所述第二组探针的成员是否与所述检测样品杂交；以及

确定所述第一和第二核酸区段是否在所述标本的共同细胞中共存。

2.权利要求1所述的方法，其中所述抗原受体分子是T细胞抗原受体分子。

3.权利要求2所述的方法，其中所述第一核酸区段与所述T细胞抗原受体分子的α链有关，并且其中所述第二核酸区段与所述T细胞抗原受体分子的β链有关。

4.权利要求1所述的方法，其中所述抗原受体分子是B细胞抗原受体分子。

5.权利要求4所述的方法，其中所述第一核酸区段与所述B细胞抗原受体分子的重链有关，并且其中所述第二核酸区段与所述B细胞抗原受体分子的轻链有关。

6.权利要求3所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段位于所述核酸片段的互补决定区3(CDR3)部分。

7.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含基因组DNA。

8.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含总RNA。

9.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含来自肿瘤浸润淋巴细胞的核酸分子。

10.权利要求1所述的方法，其中所述标本包括新鲜或冷冻的肿瘤组织标本。

11.权利要求10所述的方法，其中从所述标本获得所述核酸样品包括：

将所述标本固定并在石蜡中包埋；

切除所述标本的部分；和

从所述标本的切除部分提取所述核酸样品。

12.权利要求11所述的方法，其中所述标本的切除部分包含靶免疫细胞。

13.权利要求12所述的方法，其中所述靶免疫细胞包含肿瘤浸润淋巴细胞。

14.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段的序列各自包含50至200个碱基对。

15.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段的序列各自包含75至150个碱基对。

16.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二组序列各自包括至少20个不同序列。

17.权利要求16所述的方法，其中所述第一和第二组序列各自包括至少50个不同序列。

18.权利要求1所述的方法，其中所述第一组序列包含N个不同序列，并且其中产生所述第一组探针包括：

对于在所述核酸样品中以最高丰度表达的不同序列中M个的每个序列，产生对应于所述序列的寡核苷酸群体；和

将所述寡核苷酸群体的每个成员连接至检测部分。