[发明专利]工程化的微生物及其制造和使用方法

说明书

本公开提供了工程化的微生物及其制造和使用方法。如本文所述的工程化的微生物可具有表面展示并且可用作治疗剂(例如，海绵)和生物传感器。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年9月20日提交的美国临时申请序列号62/733,896的优先权，所述临时申请以引用的方式整体并入本文。

关于联邦政府资助的研究或开发的声明

不适用。

以引用的方式并入的材料

序列表是本公开的一部分，包括含有本发明的核苷酸和/或氨基酸序列的计算机可读形式。序列表的主题以引用的方式整体并入本文。

发明领域

本公开总体上涉及工程化的微生物。

发明内容

在本公开的各个方面中提供工程化的微生物以及制备和使用所述工程化的微生物的方法，所述工程化的微生物用于结合剂的表面展示以及用于感测应用。

本公开的一个方面提供了一种工程化的微生物，所述工程化的微生物包含：在所述工程化的微生物的表面上展示的至少一种结合剂，其中所述结合剂对靶微生物具有结合亲和力。

在一些实施方案中，所述结合剂经由锚定蛋白可操作地连接至所述工程化的微生物。

在一些实施方案中，所述锚定蛋白是细胞壁蛋白锚定区。

在一些实施方案中，所述细胞壁蛋白锚定区是Flo1p锚定区。

在一些实施方案中，所述结合剂经由包含跨膜蛋白的茎可操作地连接至所述工程化的微生物。

在一些实施方案中，所述跨膜蛋白选自Wsc1p(C8A)。

在一些实施方案中，所述茎包含可操作地连接至所述跨膜蛋白的细胞壁蛋白结构域，其中所述细胞壁蛋白结构域能够使所述茎延伸至细胞外空间中。

在一些实施方案中，所述细胞壁蛋白结构域是Mid2蛋白(Mid2p)。

在一些实施方案中，所述工程化的微生物包含第一结合剂和第二结合剂，其中所述第一结合剂能够结合至第一靶微生物并且所述第二结合剂能够结合至第二靶微生物，并且所述第一结合剂不同于所述第二结合剂。

在一些实施方案中，所述工程化的微生物是酵母属酵母。

在一些实施方案中，所述工程化的微生物选自酿酒酵母布拉氏变种(布拉氏酵母)。

在一些实施方案中，所述靶微生物是致病有机体(pathobiont)、共生微生物或病原体。

在一些实施方案中，所述靶微生物是细菌、真菌、病毒或真核生物。

在一些实施方案中，所述靶微生物选自由以下组成的组：诺如病毒、单核细胞增多性李斯特氏菌、梭菌致病有机体(Clostridium pathobionts)、艰难梭菌、产气荚膜梭菌、大肠弯曲杆菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、酿脓链球菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌或具有可被结合剂(如scFv、受体或结合结构域)靶向的结合区的任何其他生物实体。

在一些实施方案中，所述结合剂特异性地结合至所述靶微生物。

在一些实施方案中，所述结合剂包括由以下组成的组中的一者或多者：肽、蛋白质、抗体、纳米抗体、其单链片段以及它们的组合。

在一些实施方案中，所述结合剂包括由以下组成的组中的一者或多者：靶微生物的细胞壁结合结构域和内溶素的细胞壁结合结构域。

在一些实施方案中，所述锚定蛋白包括由启动子和终止子圈定(bracketed)的单顺反子中的细胞壁蛋白锚定区。