[发明专利]用于鉴定肿瘤特异性抗原的基于蛋白质基因组学的方法

权利要求书

1.一种用于在肿瘤细胞样品中鉴定肿瘤抗原候选物的方法，所述方法包括:

(a)通过以下产生肿瘤特异性蛋白质组数据库：

(i)从肿瘤RNA序列提取包括至少33个碱基对的子序列(k-mers)集合；

(ii)将(i)中的所述肿瘤子序列集合与从来自正常细胞的RNA序列提取的包括至少33个碱基对的相应的对照子序列集合比较；

(iii)提取在所述相应的对照子序列中不存在的所述肿瘤子序列，从而获得肿瘤特异性子序列；以及

(iv)经计算机翻译所述肿瘤特异性子序列，从而获得所述肿瘤特异性蛋白质组数据库；

(b)通过以下产生个性化肿瘤蛋白质组数据库：

(i)将所述肿瘤RNA序列与参考基因组序列比较来鉴定所述肿瘤RNA序列中的单碱基突变；

(ii)在所述参考基因组序列中插入在(i)中鉴定的所述单碱基突变，从而创建个性化肿瘤基因组序列；

(iii)经计算机翻译来自所述个性化肿瘤基因组序列的编码表达蛋白质的转录物，从而获得所述个性化肿瘤蛋白质组数据库；

(c)将来自所述肿瘤的主要组织相容性复合体(MHC)相关肽(MAP)的序列与(a)的所述肿瘤特异性蛋白质组数据库以及(b)的所述个性化肿瘤蛋白质组数据库的序列比较以鉴定所述MAP；以及

(d)从在(c)中鉴定的MAP之中鉴定肿瘤抗原候选物，其中肿瘤抗原候选物是其序列和/或编码序列在肿瘤细胞中相对于正常细胞过表达或占比过大的肽。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，上述方法进一步包括(1)从所述肿瘤细胞样品中分离主要组织相容性复合体(MHC)相关肽(MAP)并对其测序，和/或(2)对所述肿瘤细胞样品进行全转录物组测序以获得所述肿瘤RNA序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述分离MAP包括(i)通过弱酸处理从所述细胞样品中释放所述MAP；以及(ii)对所述释放的MAP进行色谱。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述方法进一步包括在所述色谱之前用尺寸排阻柱过滤所述释放的肽。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述子序列包括33至54个碱基对。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，进一步包括将重叠的肿瘤特异性子序列组装成较长的肿瘤子序列(重叠群)。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述尺寸排阻柱具有约3000Da的截留值。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中，所述对MAP测序包括对所述分离的MAP进行质谱(MS)测序分析。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中，所述方法进一步包括使用相应的正常细胞产生个性化正常蛋白质组数据库。

10.根据权利要求9所述的方法，其中，(d)中的所述鉴定包括如果在所述正常个性化蛋白质组数据库中检测到所述MAP的序列，则排除所述MAP。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中，所述方法进一步包括从所述肿瘤RNA序列和从来自正常细胞的RNA序列产生24核苷酸或39核苷酸k-mer数据库以获得肿瘤k-mer数据库和正常k-mer数据库；以及将所述肿瘤k-mer数据库和正常k-mer数据库与源自所述MAP编码序列的24核苷酸或39核苷酸k-mer比较，其中，源自所述MAP编码序列的所述k-mer在所述肿瘤k-mer数据库中相对于所述正常k-mer数据库的过表达或占比过大表明了所述相应的MAP是肿瘤抗原候选物。

12.根据权利要求11所述的方法，其中，源自所述MAP编码序列的所述k-mer在所述肿瘤k-mer数据库中相对于所述正常k-mer数据库过表达或占比过大至少10倍。