[发明专利]利用可编程碱基编辑器系统编辑单核苷酸多态性的方法

权利要求书

1.一种编辑包含与α-1抗胰蛋白酶缺乏症(A1AD)相关的单核苷酸多态性(SNP)的SERPINA1多核苷酸的方法，所述方法包括使所述SERPINA1多核苷酸与一种或多种指导多核苷酸复合的碱基编辑器接触，其中所述碱基编辑器包含多核苷酸可编程DNA结合结构域和腺苷脱氨酶结构域，并且其中一种或多种所述指导多核苷酸靶向所述碱基编辑器，以造成与A1AD相关的SNP的A·T至G·C改变。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述接触是在细胞、真核细胞、哺乳动物细胞或人类细胞中。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述细胞是体内或离体的。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中于所述与A1AD相关的SNP处的所述A·T至G·C改变将使α-1抗胰蛋白酶(A1AT)多肽中的赖氨酸改变为谷氨酸。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述与A1AD相关的SNP导致在氨基酸位置342具有赖氨酸的A1AT多肽的表达。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述碱基编辑器的校正是以谷氨酸取代位置342处的赖氨酸。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域是修饰化脓性链球菌Cas9(SpCas9)或其变体。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域包含具有改变的原间隔物相邻基序(PAM)特异性的修饰SpCas9。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述修饰SpCas9对核酸序列5’-AGC-3’具有特异性。

10.根据权利要求8或权利要求9所述的方法，其中所述修饰SpCas9包含氨基酸取代D1332A和D1135M、S1137Q、G1218K、E1219F、D1332A、R1335E和T1337R中的一个或多个，或其相应的氨基酸取代。

11.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域包含具有改变的原间隔物相邻基序(PAM)特异性的SpCas9的变体。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述修饰SpCas9对核酸序列5’-NGC-3’具有特异性。

13.根据权利要求11或权利要求12所述的方法，其中所述修饰SpCas9包含氨基酸取代D1135M、S1137Q、G1218K、E1219F、A1322R、D1332A、R1335E和T1337R，或其相应的氨基酸取代。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域是核酸酶失活或切口酶变体。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述切口酶变体包含氨基酸取代D10A或其相应的氨基酸取代。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述腺苷脱氨酶结构域能够在脱氧核糖核酸(DNA)中使腺苷脱氨。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述腺苷脱氨酶是自然界中不存在的修饰的腺苷脱氨酶。

18.根据权利要求16或权利要求17所述的方法，其中所述腺苷脱氨酶是TadA脱氨酶。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述TadA脱氨酶是TadA*7.10。