[发明专利]分析病毒核酸的方法

说明书

本文提供了用于检测来自存在病况例如鼻咽癌(NPC)风险的个体的无细胞核酸样品中来自病原体(例如病毒，例如EB病毒(EBV))的核酸的方法、系统和计算机可读介质。该方法、系统和计算机可读介质可用于使用基于样品属性调整的阈值来筛查病况例如NPC的存在。

交叉引用

本申请要求于2018年1月12日提交的美国临时申请号62/617,079和于2018年8月13日提交的美国临时申请号62/718,290的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

发明背景

鼻咽癌(NPC)是中国南部和东南亚最常见的癌症之一(Tang等人.Cancer Lett2016；374:22-30)。NPC的发病机制可能与EB病毒(EBV)感染密切相关。在流行地区，几乎所有患者的NPC癌细胞中都可以检测到EBV基因组。血浆中的循环无细胞EBV DNA可以作为NPC的生物标志物(Lo等人.Cancer Res 1999；59:1188-91)。血浆EBV DNA分析可用于NPC的检测、监测和预测。

然而，样品中EBV无细胞DNA(cfDNA)的量可能会根据各种与受试者相关的因素(例如，当前的吸烟习惯)和与受试者无关的因素(例如，环境温度)而变化。需要可以考虑影响EBV cfDNA水平的因素并且可以将该信息纳入对NPC存在的筛查中以减少NPC检测的假阳性率的改进的方法、系统和计算机可读介质。

发明内容

本文公开了一种筛查受试者中肿瘤存在的方法，所述方法包括：a)确定来自所述受试者的生物样品中来自病毒的无细胞核酸的量；b)基于选自受试者年龄、受试者吸烟状态和环境温度的属性确定无细胞核酸的阈值；以及c)将来自所述病毒的无细胞核酸的量与所述阈值进行比较，从而筛查所述受试者的肿瘤。

所述阈值可基于所述受试者的吸烟状态确定。如果所述受试者的吸烟状态是吸烟者，则可将所述阈值设置成高于如果所述受试者的吸烟状态不是吸烟者的阈值。所述阈值可基于所述受试者的年龄确定。所述阈值可包括与受试者年龄的正相关。所述阈值可基于环境温度确定。所述阈值可与环境温度负相关。所述环境温度可以是在从所述受试者获取所述样品的位置的50km以内的位置处测量的温度。所述环境温度可以是从所述受试者获取所述样品的当天的平均环境温度。所述阈值可以是基于所述受试者的年龄和所述受试者的吸烟状态确定的。所述阈值可以是基于所述受试者的年龄和环境温度确定的。所述阈值可以是基于所述受试者的吸烟状态和环境温度确定的。所述阈值可以是基于所述受试者的年龄、所述受试者的吸烟状态和环境温度确定的。在一些实施方案中，所述阈值不是基于所述受试者是否患有糖尿病、饮酒、运动、患有高血压、患有高脂血症或患有缺血性心脏病确定的。

相对于将无细胞核酸的量与不基于所述属性的阈值进行比较，将来自所述病毒的无细胞核酸的量与基于所述属性的所述阈值进行比较可降低所述筛查的假阳性率。所述量可包括每毫升中来自所述病毒的无细胞核酸的拷贝数(拷贝/mL)。所述方法可进一步包括如果所述生物样品中来自所述病毒的无细胞核酸的量高于所述阈值，则对所述肿瘤的存在进行第二次筛查。所述第二次筛查可包括确定来自第二生物样品中的所述病毒的无细胞核酸的大小。所述第二生物样品可与所述生物样品相同。所述第二生物样品可不同于所述生物样品。所述第二次筛查可包括确定来自所述受试者的所述第二生物样品中的来自所述病毒并且具有给定范围内的大小的无细胞核酸的量。确定来自所述病毒并且具有给定范围内的大小的所述无细胞核酸的量可包括对所述第二生物样品中的所述无细胞核酸进行大规模平行测序以产生序列读取。

所述生物样品可包括血浆或血清。确定所述量可包括扩增所述无细胞核酸。所述扩增可包括聚合酶链反应(PCR)。所述PCR可包括定量PCR(qPCR)。所述肿瘤可以是鼻咽癌。所述病毒可以是EB病毒(EBV)。所述方法可进一步包括当所述筛查指示所述受试者中存在肿瘤时，针对所述肿瘤对所述受试者进行治疗。