[发明专利]基因组位点处核小体修饰和突变的定量方法及其临床应用

权利要求书

1.一种检测和定量受试者生物样品染色质内特异性基因组位点核心组蛋白表位处表观遗传修饰或突变的方法，所述方法包括：

a)从受试者分离生物样品；

b)从所述生物样品的染色质制备天然核小体文库，其中所述文库包括核小体，所述核小体包括具有表位的核心组蛋白及多核苷酸，所述多核苷酸包括指示基因组位点的核苷酸序列；

c)向文库中加入标准物，建立掺杂文库；其中所述标准物包括重组核小体，其包括：(i)具有表位的标准组蛋白或组蛋白片段和(ii)标准多核苷酸，其包括核小体定位序列和条形码标识序列，其中所述标准组蛋白或组蛋白片段和所述标准多核苷酸形成稳定的蛋白质-DNA结合；

d)向掺杂文库中加入亲和试剂，捕获一定数量的天然核小体和包含表位的标准物；

e)将掺杂文库输入数量中与被捕获的含表位天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量与和天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的相对基因组丰度；

f)将掺杂文库输入数量中与被捕获的标准物结合的条形码标识序列的数量与和标准物结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的标准物捕获效率；

g)将相对基因组丰度与标准物捕获效率进行比较，确定基因组位点处核心组蛋白表位的密度；从而，检测和定量表位处的表观遗传修饰或突变。

2.一种测定和定量患有疾病或病症的受试者生物样品染色质中特异性基因组位点表观遗传或突变状态的方法，所述方法包括：

a)从受试者分离生物样品；

b)从所述生物样品的染色质制备天然核小体文库，其中所述文库包括核小体，所述核小体包括具有表位的核心组蛋白及多核苷酸，所述多核苷酸包括指示基因组位点的核苷酸序列；

c)向文库中加入标准物，建立掺杂文库；其中所述标准物包括重组核小体，其包括：(i)具有表位的标准组蛋白或组蛋白片段和(ii)标准多核苷酸，其包括核小体定位序列和条形码标识序列，其中所述标准组蛋白或组蛋白片段和所述标准多核苷酸形成稳定的蛋白质-DNA结合；

d)向掺杂文库中加入亲和试剂，捕获一定数量的天然核小体和包含表位的标准物；

e)将掺杂文库输入数量中与被捕获的含表位天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量与和天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的相对基因组丰度；

f)将掺杂文库输入数量中与被捕获的标准物结合的条形码标识序列的数量与和标准物结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的标准物捕获效率；

g)将相对基因组丰度与标准物捕获效率进行比较，确定基因组位点处核心组蛋白表位的密度；从而测定和定量基因组位点表观遗传或突变的状态。

3.一种监测受试者生物样品染色质中特异性基因组位点表观遗传或突变状态随时间变化的方法，所述方法包括：

a)从受试者分离生物样品；

b)从所述生物样品的染色质制备天然核小体文库，其中所述文库包括核小体，所述核小体包括具有表位的核心组蛋白及多核苷酸，所述多核苷酸包括指示基因组位点的核苷酸序列；

c)向文库中加入标准物，建立掺杂文库；其中所述标准物包括重组核小体，其包括：(i)具有表位的标准组蛋白或组蛋白片段和(ii)标准多核苷酸，其包括核小体定位序列和条形码标识序列，其中所述标准组蛋白或组蛋白片段和所述标准多核苷酸形成稳定的蛋白质-DNA结合；

d)向掺杂文库中加入亲和试剂，捕获一定数量的天然核小体和包含表位的标准物；

e)将掺杂文库输入数量中与被捕获的含表位天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量与和天然核小体结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的相对基因组丰度；

f)将掺杂文库输入数量中与被捕获的标准物结合的条形码标识序列的数量与和标准物结合的给定核苷酸序列的数量进行比较，确定表位的标准物捕获效率；

g)将相对基因组丰度与标准物捕获效率进行比较，确定基因组位点处核心组蛋白表位的密度；

h)重复步骤a)至g)至少一次；及

从而监测基因组位点处表观遗传或突变状态随时间的变化情况。