[发明专利]代谢组与其他组学联合分析方法及装置有效
申请号: | 201911380147.7 | 申请日: | 2019-12-27 |
公开(公告)号: | CN111061818B | 公开(公告)日: | 2023-06-30 |
发明(设计)人: | 郑洪坤;秦刚;张蕾;梁若冰 | 申请(专利权)人: | 北京百迈客生物科技有限公司 |
主分类号: | G06F16/28 | 分类号: | G06F16/28;G16B40/00;G16B20/00 |
代理公司: | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人: | 郑朝然 |
地址: | 101300 北京市顺义区南*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 代谢 其他 联合 分析 方法 装置 | ||
1.一种代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,包括:
对代谢组的数据,以及除所述代谢组以外的一种或多种其他组学的数据进行多重协惯量分析,获取所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系;
将存在关联关系的代谢组的数据和其他组学的数据作为一个数据对,对每个所述数据对进行相关性分析,根据每个所述数据对的相关性分析结果对所述数据对进行筛选;
对筛选出的每个所述数据对进行限制性对应分析,根据每个所述数据对的限制性对应分析结果,确定最终保留的数据对,根据最终保留的数据对最终确定所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系;
对代谢组的数据,以及除所述代谢组以外的一种或多种其他组学的数据进行多重协惯量分析的步骤具体包括:
对所述代谢组的数据的表达量文件和所述其他组学的数据的表达量文件进行差异分析;
对所述代谢组的数据的差异分析结果和所述其他组学的数据的差异分析结果进行多重协惯量分析。
2.根据权利要求1所述的代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,对代谢组的数据,以及除所述代谢组以外的一种或多种其他组学的数据进行多重协惯量分析,获取所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系的步骤包括:
基于omicade4软件将所述代谢组的数据和所述其他组学的数据投影到相同的维度空间;
根据所述维度空间中代谢组的任一数据的坐标和任一其他组学的任一数据的坐标与原点的连线之间的夹角,确定所述代谢组的任一数据和任一所述其他组学中的任一数据之间的关联性;初步确定大于第一预设阈值的关联性对应的代谢组的数据和其他组学的数据之间存在关联关系。
3.根据权利要求1所述的代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,对每个所述数据对进行相关性分析,根据每个所述数据对的相关性分析结果对所述数据对进行筛选的步骤包括:
基于spearman方法对每个所述数据对进行相关性分析,获取每个所述数据对的相关性系数和相关性P值,筛选出相关性系数大于第二预设阈值且相关性P值小于第三预设阈值的数据对。
4.根据权利要求1所述的代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,对筛选出的每个所述数据对进行限制性对应分析,根据每个所述数据对的限制性对应分析结果,确定最终保留的数据对的步骤包括:
基于vegan软件对筛选出的每个所述数据对进行限制性对应分析,获取每个所述数据对的打分结果;其中,将所述数据对中代谢组的数据作为所述限制性对应分析的限制性条件;
根据每个所述数据对的打分结果确定最终保留的数据对。
5.根据权利要求1-4任一所述的代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,所述其他组学包括转录组、蛋白组和微生物组中的一种或多种。
6.根据权利要求1-4任一所述的代谢组与其他组学联合分析方法,其特征在于,根据最终保留的数据对最终确定所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系的步骤之后还包括:
若具有转录组基因的生物产生的代谢物为预设代谢物,则根据最终确定所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系,获取与所述预设代谢物具有关联关系的其他组学的数据;
若所述生物具有与所述预设代谢物具有关联关系的其他组学的数据,则确定所述转录组基因具有预设差异基因。
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