[发明专利]一种快速简便构建植物DNase-seq文库的方法及应用

权利要求书

1.一种快速简便构建植物DNase-seq文库的方法，其特征在于，将纯化的植物DNA片段采用AMPure beads首先去除1000bp以上的大片段，然后利用醇沉的方法回收所有小片段用于PCR建库，建库后再一次AMPure beads片段筛选去除插入片段大于200bp的DNA用于测序；通过两轮的 AMPure beads筛选，获得用于测序的DNase-seq文库。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，采用AMPure beads去除1000bp以上的大片段时，DNA与AMPure beads体积比为1:0.6。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述醇沉为采用3倍体积无水乙醇-20 °C沉淀过夜。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第二轮AMPure beads片段筛选在建库的最后一步进行，片段筛选系数为0.7*1.3。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述纯化的植物DNA片段的制备方法为：将植物组织在液氮中研磨成粉末后加入预冷的植物细胞核提取缓冲液NIB，充分混匀后过滤，滤液至一新的离心管，离心收集沉淀，并向沉淀中加入细胞核洗涤缓冲溶液，离心去除上清，重复洗涤沉淀2-3次后，用细胞核酶解缓冲液悬浮沉淀，得到待酶切的细胞核悬浮液；通过设置不同的DNase I酶加入量对细胞核进行部分酶解，酶解后的细胞核通过酚氯仿抽提、乙醇沉淀后得到纯化的DNA片段。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述细胞核提取缓冲液NIB包括以下终浓度成分：10 mM Tris-HCl, 80 mM KCl, 10 mM EDTA, 1 mM 亚精氨, 1 mM 精氨, 0.15 %v/v 巯基乙醇, 0.5 M sucrose, pH 9.5；巯基乙醇在使用前加入；

细胞核洗涤缓冲液成分包括：NIB溶液加入终浓度0.5 %v/v Triton X-100；

细胞核酶解缓冲液包括以下终浓度成分：10 mM Tris–HCl, 10 mM NaCl, 3 mMMgCl2, pH 7.4。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述细胞核提取缓冲液NIB中还包括终浓度1.0 mg/ml 的聚乙烯吡咯烷酮。

8.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述植物组织与植物细胞核提取缓冲液NIB加入比例为：3-5g植物样品加入10-15ml NIB溶液；所述酶解条件为37 °C 温育10分钟；所述DNase I 的用量为1.5-2.0U/80μl细胞核。

9.一种如权利要求1所述的方法在植物开放染色质鉴定中的应用。