[发明专利]一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用

说明书

本发明公开了一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用，属于生物技术领域。所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。利用所述CAPS标记引物组对185份F2分离群体进行节间长度鉴定，结果显示正常节间长度和节间缩短的西瓜鉴定的准确率为100％。本发明不需要经过西瓜伸蔓期鉴定，在苗期就可以准确快速的鉴定出西瓜节间长度，可以提高育种效率，缩短鉴定时间，且还具有工作量小、生产成本低等优点。本发明适用于西瓜的遗传鉴定与育种。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及西瓜育种技术，具体涉及一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用。

背景技术

在传统的选择育种中，因为难以确定后代的基因型，选择的依据通常是植物的表现型而不是基因型，选择时间较长，且表现型易受环境因素的影响，导致选择的不准确和效率较低。分子标记辅助育种以与目标形状紧密连锁分子标记为工具对目标性状进行筛选，通过分子标记以基因型进行种质资源的筛选，具有准确、快速、不受环境条件干扰的优点，避免了传统育种过程中性状选择的盲目性，提高了育种效率。

CAPS标记是对扩增产物进行酶切分析的一种分子标记，具有高通量、简单、稳定、灵敏度高等特定，是目前分子标记辅助育种工作中极具发展前景的分子标记。西瓜是一种重要的园艺作物，我国是世界第一大的西瓜生产和消费大国，然而在西瓜育种过程中，可用的分子标记较少，仍以传统的选择育种为主，效率较低，难以快速获得满足市场需求的新品种。节间长度是西瓜重要的农艺性状，节间较短的节间缩短植株，株型紧凑，适于高密度栽培，在一定程度上能节约土地资源，提高单位面积产量，因此节间缩短西瓜是西瓜育种中很重要的种质资源。因此存在需求开展西瓜节间长度研究，开发可用于西瓜育种的分子标记，以缩短育种进程提高育种效率。

发明内容

为解决上述西瓜育种过程中的技术问题，本发明基于西瓜节间长度的研究，开发一种可用于西瓜育种的分子标记，以缩短育种进程，提高育种效率。具体地，本发明给出一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，利用该CAPS标记引物组能够在苗期准确、快速地鉴定出西瓜蔓长，具有通量大、扩增产物稳定、检测快速等优点，可显著提高西瓜节间长度选择育种效率。

一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

优选地，所述与西瓜节间长度连锁的CAPS标记酶切位点位于西瓜第9号染色体第1859049bp处，多态性表现为A/G碱基差异。

本发明还给出了所述的CAPS标记引物组在西瓜育种中的应用。

本发明还进一步给出了所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜资源中的应用。

本发明还进一步给出了所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜基因型中的应用。

作为本发明所述CAPS标记引物组应用的优选，所述CAPS标记引物组通过PCR方法进行应用。

本发明给出了所述PCR方法，具体包括：

以西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR反应，得PCR扩增产物；

将所述部分扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，剩余部分扩增产物进行酶切反应；

酶切所述PCR扩增产物后琼脂糖凝胶电泳；

根据所述酶切产物的带型判断节间长度性状的等位基因型；

扩增片段经TaqI酶切，节间缩短纯合子酶切成638bp的条带，正常节间长度纯合子酶切成172bp和466bp的两条带，正常节间长度杂合子酶切成172bp、466bp和638bp的三条带。