[发明专利]一种基于KASP的大鼠遗传质量监控SNP标记分型方法及试剂盒

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于KASP的大鼠遗传质量监控SNP标记分型方法及试剂盒，所能够检测的SNP位点包括48个：覆盖了大鼠20条常染色体和X性染色体，每条染色体上至少选择2个SNP位点，近交大鼠品系两两之间至少有5个SNP位点用于区分，该方法还包括针对大鼠SNP标记设计的KASP引物组和KASP预混液。根据本发明所述方法可以有效快速区分常见近交系大鼠品系，并可对近交系大鼠的遗传纯合度或遗传污染进行有效检测，对封闭群大鼠的遗传多样性进行快速检测以及对未知来源的大鼠进行溯源，具有直观性，准确性、灵活性和低成本的特点，适合自动化和批量检测。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于KASP的大鼠遗传质量监控SNP标记分型方法及试剂盒。

背景技术

在生物医学研究中，实验动物的遗传质量是衡量其品质好坏的重要因素，利用遗传特性稳定的实验动物才能保证实验结果具有参考价值和可比性。《常用品系大鼠的基因组及SNP遗传标记分析》（华南理工大学，工程硕士论文，2018年4月）中提到对其进行定期的遗传检测是必不可少的：近交系动物同基因性、长期遗传稳定性、均一性、个体性、背景资料和数据较完善的特点，检测近交系动物的纯合度和遗传污染情况，为保证科学研究实验结果的可靠、稳定及完整提供了依据；封闭系动物个体具有遗传杂合性，个体间具有遗传多样性和差异性，从而类似人类群体遗传异质性遗传组成，在人类遗传研究，药物筛选、毒理实验、生物制品和化学制品的鉴定等方面起着不可替代的作用；目前封闭群动物普遍缺乏遗传检测方法和标准，我国封闭群大鼠的遗传质量主要是在繁育环节进行控制，然而生产管理与繁育方式的实际效果如何却无法进行评估，因此，需要定期的遗传检测对其生产管理及繁育方式等作出反馈及调整是必需的。

生化标记基因检测、免疫标记基因检测以及毛色基因检测等传统的遗传质量检测方法存在着精确度不高以及检测标记少等局限性，这些检测方法已不再满足科学发展的需要。随着基因组学研究的不断进步，SNP标记开始逐渐被应用于各种实验动物的鉴定及遗传检测中，相比于传统的遗传质量检测方法，利用SNP标记具有操作简单快速、能鉴别出同源品系以及能进行大规模高通量检测的显著优点。

传统的SNP检测方法如DNA测序、RFLP、SSCP、ASO等操作复杂，易出错；Taqman方法、质谱分析、DNA芯片、SNaPshot法等有着高效快速的优点，但需要投入昂贵设备或者高成本的试剂，也难以普及应用。

KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR技术，以其高度稳定性、准确性和低成本的特点，已经被广泛应用于高通量SNP分型，尤其在样本量大，SNP标记少时，KASP的应用特点最为显著。KASP在小到中等数量的标记应用中显示出了成本效益和可扩展的灵活性。但KASP分子标记的开发需要综合考虑目的区段DNA变异、多态性等因素，标记开发的成功率较低。

CN109022592 A公布了一种针对4种大鼠常用品系Wistar、GK、BN、SD的13个SNP标记，选择的SNP标记采用高通量测序及生物信息分析等技术开发的能用于快速鉴定四种常用品系 ( Wistar、GK、BN、SD )大鼠的SNP标记，所用的SNP检测技术为一代测序，方法繁琐，价格昂贵，不易于自动化应用。

国内外对大鼠SNP遗传分析尚处于研究阶段，检测方法主要有二代测序、普通PCR结合Sanger测序、PCR-LDR等。因此，提供一种基于KASP的SNP分子标记分型技术，可以在快速鉴别大鼠遗传质量。

本发明建立的大鼠基因型鉴别技术可以快速准确区分常见近交系大鼠品系，并可对近交系大鼠的遗传纯合度或遗传污染进行有效检测，对封闭群大鼠的遗传多样性进行快速检测以及对未知来源的大鼠进行溯源，具有直观性，准确性、灵活性和低成本的特点，适合自动化和批量检测。

发明内容