[发明专利]单纯性增生型外阴营养不良生物标志物及筛选方法和检测试剂盒在审
| 申请号： | 201910532040.3 | 申请日： | 2019-06-19 |
| 公开（公告）号： | CN110117670A | 公开（公告）日： | 2019-08-13 |
| 发明（设计）人： | 牛晓宇;陈勉之 | 申请（专利权）人： | 四川大学华西第二医院 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/10;C12Q1/04;C12R1/19;C12R1/01 |
| 代理公司： | 成都正华专利代理事务所(普通合伙) 51229 | 代理人： | 李蕊;何凡 |
| 地址： | 610041 四*** | 国省代码： | 四川;51 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 生物标志物 单纯性增生 营养不良 候选药物 检测对象 检测试剂 筛选 预防 治疗 | ||
1.一种单纯性增生型外阴营养不良生物标志物，其特征在于，包括：Paenibacillus、Megasphaera、Enterococcus、Sphingomonas和Escherichia/Shigella中的至少一种。
2.权利要求1所述的单纯性增生型外阴营养不良生物标志物的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)收集待测样本并进行微生物基因组DNA提取，得到样本DNA；
(2)利用细菌16S rRNA V3-V4区域扩增引物对样本DNA进行PCR扩增，回收PCR产物，构建DNA文库，并进行测序；
所述扩增引物序列为：
338F：5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′；
806R：5’-GGACTACHVGGGTWTCT AAT-3′；
(3)利用DNA条形码区分每个待测样本的原始reads，并对其进行过滤获得cleanreads，将clean reads相似性≥98％的归为同一OUT，并计算OUT的丰度；
(4)在门、目和属水平上比较待测样本，选出丰度最大的菌属，并用LDAEffect Size和荧光定量PCR对其进行分析验证，筛选出生物标志物。
3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述待测样本为阴道分泌物。
4.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，步骤(1)中PCR扩增时的扩增体系为25ng DNA样本，12.5μL荧光定量PCR Mix，引物各2.5μL，补充MilliQ water至总体积为25μL；PCR扩增程序为98℃预变性30秒，98℃变性10秒，54℃解链30秒，72℃延伸45秒，共循环35次，最后72℃延伸10分钟。
5.一种用于检测权利要求1所述的单纯性增生型外阴营养不良生物标志物的试剂盒，其特征在于，包括：细菌16S rRNA V3-V4区域扩增引物、荧光定量PCR Mix和MilliQ water。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，细菌16S rRNA V3-V4区域扩增引物序列为：
338F：5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′；
806R：5’-GGACTACHVGGGTWTCT AAT-3′。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于四川大学华西第二医院，未经四川大学华西第二医院许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201910532040.3/1.html，转载请声明来源钻瓜专利网。
