[发明专利]与母鸡储精能力期间受精率相关的SNP分子标记

说明书

本发明提供了一种与母鸡储精能力期间受精率相关的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析（GWAS）和限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法，首次在母鸡基因组13号染色体上筛选到6个与母鸡储精能力期间受精率相关联的SNP分子标记，这些SNP位点的多态性与母鸡的储精能力期间的受精率（授精一次至母鸡产出最后一枚受精蛋之间受精蛋个数所占产蛋个数的百分率）显著关联，所述的SNP分子标记可以分别单独用于选择和改良母鸡的受精率。

技术领域

本发明属于家畜繁殖性状的分子标记选择技术领域，具体涉及鸡13号染色体上6个与母鸡储精能力期间的受精率相关的SNPs分子标记及其应用。

背景技术

母鸡储精能力期间受精率是指母鸡在储精能力期间所产受精蛋与这个期间总产蛋数的百分比；母鸡的储精能力是指母鸡在自然交配或者人工授精(Artificialinsemination，AI)之后能够储存精子并持续产受精蛋的能力(Duration of fertility)。在许多品种或品系的群体中，研究者发现母鸡的储精能力均会存在明显的个体差异，反映为一次自然交配或者人工授精后母鸡产受精蛋个数(FN，The number of fertile eggsafter AI)或持续天数(DN，The days post-insemination until the last fertile egg)的差异。在目前大规模集约生产中人工授精技术被普遍采用的情况下，选择储精能力长的母鸡，对母鸡储精性状进行改良，能够有效地降低种蛋生产过程中人工授精的频率，进而减少种公鸡的饲养量，从而减少饲养成本，同时减少母鸡对人工授精产生的应激反应，增加生产效益。然而，在母鸡储精能力期间受精率不同个体是有很大差异的，只有选择在母鸡储精能力期间高受精率的个体，才能真正使母鸡储精能力得到有效利用。利用全基因组关联分析(GWAS)检测与性状相关联的SNPs及基因组区域，可大大提高工作效率和统计效力，而利用限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP，restricted fragment length polymorphism)分析方法在大群体里对GWAS筛选的SNPs进行验证，可进一步确定SNPs的功能，降低GWAS结果的假阳性。本研究是利用鸡全基因组SNP芯片(600K，Affymetrix)对母鸡储精能力期间受精率的表型变异进行全基因组关联分析，在全基因组范围内检测与母鸡储精能力期间受精率性状相关联SNPs及基因组区域，并利用PCR-RFLP方法在大群体对显著SNPs功能进行验证。该项研究工作在国家重点研发计划(2017YFE0113700；2018YFD0501301)，国家基金(项目编号：31772585)，湖北省畜禽优质增效与绿色养殖科技创新行动(项目编号：2018skjcx05)，华中农业大学自主创新基金(2662018PY088)及西藏自治区重点研发及转化计划(CGZH2017000237)资助下完成。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与母鸡储精能力期间受精率相关的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析首次在母鸡13号染色体上筛选到6个与储精能力期间受精率相关联的SNP分子标记。

本发明通过以下技术方案实现：

与母鸡储精能力期间受精率相关的SNP分子标记，位于13号染色体，包括6个SNP分子标记，可以单独用于母鸡储精能力期间受精率选择和改良：

分子标记1(SNP编号是AX-75769978)的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，第46位碱基R是G或A，导致多态性，AG是有利于母鸡储精期间受精率的基因型。

分子标记2(SNP编号是AX-75730546)的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，第51位碱基R是T或C，导致多态性，CT是有利于母鸡储精期间受精率的基因型。

分子标记3(SNP编号是AX-75730496)的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，第52位碱基R是G或A，导致多态性，AG是有利于母鸡储精期间受精率的基因型。