[发明专利]猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用

说明书

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用。所述的分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位TC突变，本发明还提供了一种用于鉴定猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的引物对。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高种猪瘦肉率、增大眼肌面积和眼肌厚度，协同选育上述三个性状的优良种猪，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用。

背景技术

近些年，随着人民生活水平的提高以及对猪肉消费的需求，瘦肉型猪占据了猪肉消费很大的市场份额。因此，优质瘦肉型猪的选育成为育种工作中的重点，影响猪生长的相关性状是重要的育种目标。猪的瘦肉率是指猪含有的瘦肉重量占整个胴体重量的百分比，是衡量猪生长性能的一个重要指标。长期以来，受益于人们对瘦肉的不断追求，瘦肉率取得了显著提高。眼肌面积和眼肌厚度在背膘厚度和瘦肉率的测量中扮演着重要的角色。因此，眼肌面积和眼肌厚度的改良对评估猪的生长性能是重要的参考因素。

近百年来，以杜洛克为代表的瘦肉型种猪大多以提高瘦肉率和降低背膘厚度为重要的育种目标。理论上来说，增大眼肌面积和眼肌厚度，背膘厚度则会降低。然而，瘦肉率、眼肌面积和眼肌厚度都是复杂的数量性状，由多基因控制，并且表型不易直接观测。因此采用常规育种方法难以快速实现预期的育种目标。而利用分子生物学的方法，通过先找到同时影响瘦肉率、眼肌面积和眼肌厚度的DNA分子标记，进而筛选优势等位基因用于性状改良，则有望提高瘦肉型种猪的瘦肉率和降低背膘厚度，从而提高猪的生长性能。

过去，人们通过候选基因法(Candidate gene approach)和QTL定位(QTLMapping)进行QTL检测，并且已鉴别到部分影响生长性状的候选基因，如IGF2基因等。候选基因法虽然具有方法简单、操作方便等优点，但只能针对生物学功能已知的基因；而QTL定位方法所鉴定的候选位置基因的置信区域同样较大，这极大地限制了复杂性状分子标记在家畜遗传育种中的应用。随着高通量测序技术的发展及全基因组芯片的出现，使得全基因组关联分析(Genome-wide Association Study，GWAS)在复杂性状遗传解析中效果显著，也打破了猪生长性状分子标记鉴别的瓶颈。

发明内容

为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的在于提供一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记。

本发明的另一目的在于提供上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的应用。

本发明的再一目的在于提供一种鉴定上述SNP分子标记的引物对。

本发明的第四个目的在于提供上述引物对的应用。

本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位TC突变；

所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是T或C，导致猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的差异；

所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其SNP位点为SEQ ID NO:1序列标注位置为333位的T333-C333的核苷酸突变；