[发明专利]一种基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法及利用其进行育种的应用在审
| 申请号： | 201910355843.6 | 申请日： | 2019-04-29 |
| 公开（公告）号： | CN110029187A | 公开（公告）日： | 2019-07-19 |
| 发明（设计）人： | 郭涛;陈志强;王慧;刘永柱;王加峰;肖武名;黄明;杨瑰丽;黄翠红;周丹华;陈淳;孙凯 | 申请（专利权）人： | 华南农业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 李兴林 |
| 地址： | 510000 广东省广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 水稻 构建 分子标记图谱 分子标记 育种 图谱 农业技术领域 遗传背景分析 重要农艺性状 测序数据 分子鉴定 分子育种 物理位置 重要应用 全基因 测序 应用 检测 清晰 挖掘 | ||
1.一种基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法，其特征在于，包含如下步骤：
S1.对530份来自国内外的水稻种质材料进行全基因组测序，分析530份材料在全基因组范围内的SNP；
S2.从上述全基因组SNP中挑选出565个与育种实践紧密相关的SNP位点；
S3.根据SNP位点物理位置，绘制出565个SNP位点的基因组图谱；
S4.基于竞争性等位PCR对绘制的565个SNP位点的基因组图谱分别进行分子标记，即构建了水稻分子标记图谱。
2.根据权利要求1所述基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法，其特征在于，S3中所述的基因组图谱是利用作图网站Map Gene 2 Chromosome v2进行绘制的。
3.根据权利要求1所述基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法，其特征在于，所述S4中每个位点的分子标记需要设计三条引物序列，针对每个标记，设计两条等位基因特异性正向引物序列和一条反向引物序列；PCR反应时分别加入DNA模板，标记对应的三条引物，并加入与正向引物尾部14-15个碱基分别互补的2个分别携带红色、蓝色荧光基团的荧光标记。
4.根据权利要求3所述的基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法，其特征在于，所述等位基因特异性正向引物序列末端14-15个碱基是通用的，其中一条等位基因特异性正向引物序列末端互补红色荧光标记的连接序列，另外一条等位基因特异性正向引物序列末端互补蓝色荧光标记连接序列。
5.根据权利要求4所述的基于竞争性等位PCR构建水稻分子标记图谱的方法，其特征在于，所述其中一条等位基因特异性正向引物序列末端互补红色荧光标记的连接序列为AGTCGGATTACGAAT，另外一条等位基因特异性正向引物序列末端互补蓝色荧光标记连接序列为CTTAGGATACTAGG。
6.一种利用权利要求1构建的水稻分子标记图谱进行育种的应用，其特征在于，利用该图谱可以对不同来源的水稻材料进行品质、抗病基因的鉴定。
7.一种利用权利要求1构建的水稻分子标记图谱进行育种的应用，其特征在于，利用该图谱可以获得不同水稻材料间的遗传距离。
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