[发明专利]一种用于鉴定鸡白痢抗性鸡的分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种用于鉴定鸡白痢抗性鸡的分子标记及其应用，该分子标记位于基因组版本galGal5:chr4:33552203，多态性为A/C。本发明还提供了用于检测该分子标记的特异性引物对和方法，所述特异性引物对的序列如SEQ ID NO.2‑3所示。利用本发明设计的引物和方法，可以快速鉴定与鸡白痢抗性相关的分子标记，从而可以选育高抗病力的品系。该技术操作简单，准确性高、效果显著，极大地促进了高产鸡自身抗病力的提高，同时也有助于减少抗生素等药物在家禽生产中的使用，在家禽育种领域具有良好的应用前景。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种用于鉴定鸡白痢抗性鸡的分子标记，以及利用该分子标记鉴定鸡白痢抗性鸡的方法。

背景技术

鸡白痢由鸡白痢沙门氏菌(Salmonella Pullorum,SP)感染引起，主要侵害2-3周龄以内的幼雏，病死率很高。成年鸡感染后，不出现明显的临床症状但长期带菌，且可水平和垂直传播，对家禽业造成极大的危害。目前在西方发达国家该病已被净化，而我国鸡白痢仍时常发生。除了淘汰感染鸡，仍然没有有效的控制措施。而且目前使用的血清平板凝集试验，经常出现假阳性率高、检测结果不稳定的情况，造成育种群不必要的损失。随着抗生素在畜牧生产中的限制使用，需要新的方法来进行疾病控制。抗病育种是一种可持续的解决办法，其着重于提高鸡本身的抗病力，通过良种扩繁生产，可以迅速提升商品鸡群的抗病力。

单核苷酸多态性标记(SNP)主要是指在基因组脱氧核酸(DNA)序列上由单个脱氧核苷酸的变异所引起的DNA片段的多态性。SNP的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现的形式有替换、插入和缺失等。SNP的检测方法，目前常用的包括，sanger测序、DNA芯片、飞行时间质谱、以及最新的高通量二代测序等技术。通过检测单核苷酸多态性标记检测基因型是近些年兴起的一种方法。SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。分子标记在动物育种中的应用已有一段时间，相比传统育种方法，分子育种大大加快了选育效率，节省了育种时间，使得育种学家可以在分子水平上不断探索并选育更优良的家畜、家禽品种。

全基因组关联分析(GWAS)是目前复杂疾病性状基因定位的重要手段。经过十多年的发展，全基因组关联分析技术在疾病基因的定位上发挥了很大的作用。利用GWAS鉴定与抗病力显著关联的SNP,可以直接应用于分子标记辅助选择，解决抗病育种在实际生产中难以实施的问题。在鸡育种或是种质资源改良过程中，根据SNP进行筛选，这样就可以改变育种过程中难以对抗病力进行选择提高的情况。利用本发明所提供的SNP分子标记，能够准确地将鸡白痢抗性鸡鉴定出来，具有速度快、成本低、准确度高的特点。

发明内容

本发明的第一个目的是提供一种用于鉴定鸡白痢抗性鸡的分子标记及其应用。

本发明的另一个目的是提供用于检测上述标记的引物对及含有该引物对的试剂盒。

为了实现本发明的目的，本发明提供了一种用于鉴定鸡白痢抗性鸡的分子标记，所述分子标记位于基因组版本galGal5:chr4:33552203，多态性为A/C。

本发明利用高密度SNP芯片对不同鸡种进行基因分型，通过全基因组关联分析，找到与鸡白痢抗性显著相关的SNP位点，并对该SNP位点设计引物进行PCR扩增和测序验证，通过分子生物学技术手段，找到一种分子标记，可以迅速准确将鸡白痢抗性鸡鉴定出来。

具体地，本发明鉴定鸡白痢抗性相关SNP位点的方法，按照以下步骤进行：

1)攻菌试验：选择无鸡白痢病原和抗体的雏鸡818只(包括377洛岛红鸡、364只矮小鸡和77只北京油鸡)，在4日龄经食道注入鸡白痢沙门氏菌4.8×10⁷CFU，饲喂于负压隔离器中。观察记录死亡情况至40日龄。期间进行表型鉴定，统计死亡情况并采集组织样本。