[发明专利]一种肿瘤突变负荷的检测位点组合、检测方法、检测试剂盒及系统

说明书

本发明涉及一种基于Panel测序检测肿瘤突变负荷(TMB)的位点组合、处理流程及计算方法，属于生物医学技术领域。本发明提供的肿瘤突变负荷的检测方法，对目标检测区域中的具体位点进行了优化：排除了中国人群中肿瘤发生发展相关高频突变位点，纳入了同义突变，使得基于Panel和全外显子测序的TMB结果高度一致，并在真实世界中有比较理想的临床预测效果。

技术领域

本发明涉及一种基于捕获测序检测肿瘤突变负荷(TMB)的位点组合、处理流程及计算方法，属于生物医学技术领域。

背景技术

免疫治疗极大的改善了晚期肿瘤患者的生存。近两年来，多个免疫药物如Pembrolizumab等获批用于肿瘤患者的一线治疗。但是免疫治疗整体响应率偏低，寻找一些合适的biomarker筛选出免疫治疗的优势人群迫在眉睫。

肿瘤PD-L1的表达是第一个获批的免疫治疗biomarker，但是部分晚期患者可能缺少足量的肿瘤样本用于PD-L1的检测，不同的检测平台一致性较差等问题可能限制了PD-L1的应用。

TMB作为潜在的预测免疫治疗疗效的biomarker，日益受到临床医生的关注。肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden，TMB)被定义为一份肿瘤样本中，所评估体细胞基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入/缺失突变的总数。体细胞的突变可转录/表达成RNA/蛋白水平，产生新的抗原、蛋白片段或多肽段等，这些新的蛋白被自身免疫系统识别为非自身抗原，激活T细胞，引起免疫反应。因此，肿瘤突变负荷越高，产生新抗原的概率越高，从而更能被免疫系统识别。当使用了免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitor，ICI)来对抗免疫逃逸的肿瘤细胞，TMB水平越高的患者可能接受免疫治疗效果越好。

肿瘤突变负荷的预测主要依赖于NGS检测技术，其金标准为全外显子（WES）检测。然而，全外显子检测价格昂贵，检测深度低，对于低覆盖的位点可能漏检；同时全外显子检测目前主要应用于科研，对于临床患者的获益有限。研究者们在积极探索基于捕获测序(Panel)的方法检测TMB，有效降低测序成本，并且通过一次检测可以提示患者靶向治疗，免疫治疗，遗传风险等其它多方面的获益，但是基于panel的方法检测肿瘤突变负荷的准确性和可靠性不乏挑战。

发明内容

本发明的目的是：提供一种用于检测肿瘤突变负荷的位点组合，通过对该组合中的突变进行检测，可以达到与全外显子测序的TMB检测相等同的结果，并可以通过该位点组合达到对癌症治疗结果进行预测的目的。

本发明的第一个方面，提供了：

一种肿瘤突变负荷的检测位点组合，所述的位点组合中包含肿瘤相关基因的同义突变。

在一个实施方式中，所述的肿瘤相关基因包括如下所示的基因：

在一个实施方式中，所述的位点组合中不包含高频突变位点。

在一个实施方式中，所述的高频突变位点包括如下所示的位点：

本发明的第二个方面，提供了：

一种非治疗与诊断目的肿瘤突变负荷的检测方法，包括如下步骤：

S1，对肿瘤样本和对照样本进行DNA提取，富集上述位点组合，并进行高通量测序；

S2，对高通量测序的下机数据进行处理，并将数据比对至参考基因组上，分析肿瘤样本和对照样本得出体细胞突变；