[发明专利]一种基于通用探针检测胎儿染色体变异的方法

权利要求书

1.一种基于通用探针检测胎儿染色体变异的方法，所述方法包括以下步骤：

步骤1，提取胎儿染色体变异的待测样本中的游离DNA和/或细胞DNA；

步骤2，筛选至少一种待测染色体和至少一种参考染色体的待测靶标区域，待测染色体和参考染色体的待测靶标区域数量相同且至少各为二个；

步骤3，根据步骤2筛选的待测染色体和参考染色体的待测靶标区域分别设计相应扩增引物对与通用探针；对于每个待测染色体和每个参考染色体各自的待测靶标区域分别设置一条通用探针，待测染色体的通用探针靶向待测染色体的所有待测靶标区域，参考染色体的通用探针靶向参考染色体的所有待测靶标区域；两条通用探针的核酸序列不相同，并使用不同的荧光基团进行标记；

步骤4，对步骤2中挑选的靶标区域利用步骤3的引物和探针进行扩增和检测，每种待测染色体和每种参考染色体的待测靶标区域进行检测时分别产生一种不同的荧光信号；和

步骤5，通过待测染色体和参考染色体的待测靶标区域检测到荧光信号的相对比例，确定待测染色体的变异情况。

2.根据权利要求1所述的方法，所述染色体变异包括染色体非整倍变异、染色体缺失变异、染色体重复变异。

3.根据权利要求1中所述的方法，所述待测样本包括母体外周血、羊水、绒毛膜组织、脐静脉血、宫颈内胎儿细胞。

4.根据权利要求1中所述的方法，步骤2所述的每条染色体的待测靶标区域数量5-500个，优选为10-200个，更优选为20-100个；待测靶标区域之间的间隔大于200bp，待测靶标区域中不含有SNP位点、GC含量为40-60％和无重复序列。

5.根据权利要求1中所述的方法，步骤2的所述通用探针为一段与待测靶标区域互补的长度为8-25nt的寡核苷酸，通用探针至少一个碱基具有LNA或MGB或PNA标记。

6.根据权利要求1中所述的方法，其中所述待测染色体是人的13号染色体、18号染色体、21号染色体、X染色体或Y染色体；和所述参照染色体是人的1-12号染色体中任一个。

7.根据权利要求1中所述的方法，步骤2所述的通用探针5′端标记荧光基团，3′端标记淬灭基团；所述荧光基团包括FAM、FITC、Cy3、VIC、HEX、ROX、TED、NED、Cy5、Cy5.5；所述淬灭基团包括BHQ1、BHQ2、BHQ3。

8.根据权利要求1所述的方法，所述方法基于多重数字PCR的方法。

9.根据权利要求1-8中任一所述的方法，所述待测染色体是人的21号染色体，所述参考染色体是人的5号染色体；21号和5号染色体靶标区域数量分别为5个；21号染色体的通用探针序列为C+C+CT+G+CCT+CT，5号染色体的通用探针序列为C+C+CA+C+CTC+CA，其中+表示锁核酸标记。