[发明专利]在核酸模板中保留空间邻位邻接性和分子邻接性

权利要求书

1.一种用于制备文库核酸模板的方法，其包括：

使分离的核酸与固相元件接触，所述接触在所述固相元件与所述分离的核酸之间产生复合物；和

使所述复合物与一种或多种试剂反应，所述一种或多种试剂：

将所述复合物隔室化到隔室中，从而提供隔室化的复合物；并且

将所述隔室化的复合物的核酸进行片段化并且将条形码寡核苷酸连接到所述核酸上以产生条形编码的模板核酸，其中：

所述隔室之一中的所述条形编码的模板核酸中的所述条形码寡核苷酸与其它隔室中的所述条形编码的模板核酸中的所述条形码寡核苷酸不同，并且

所述条形码寡核苷酸中的条形码保留了所述复合物的分离的核酸的空间邻位邻接性信息或保留了其空间邻位邻接性信息和分子邻接性信息。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离的核酸包含染色质。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述分离的核酸包含基本上整个基因组或其部分。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述分离的核酸是从一个或多个细胞中获得的。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述分离的核酸来自福尔马林固定的石蜡包埋的细胞、核或核基质。

6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述分离的核酸是从核中获得的。

7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述分离的核酸是从核基质中获得的。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述复合物包含25Kb或更大的分离的核酸。

9.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述复合物包含大于60Kb的分离的核酸。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述固相元件是珠粒。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述固相元件包含核酸交联剂。

12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述固相元件包含亲和纯化分子。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述分离的核酸用亲和纯化标记进行标记。

14.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中进行片段化并且连接条形码寡核苷酸的所述一种或多种试剂将所述复合物进行虚拟隔室化。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述固相元件包含进行片段化并且连接条形码寡核苷酸的所述一种或多种试剂。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述进行片段化并且连接条形码寡核苷酸的所述一种或多种试剂包含具有独特条形编码的寡核苷酸的转座子和转座酶。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述转座酶是Tn5。

18.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中将所述复合物进行隔室化的所述一种或多种试剂包括产生微流体液滴的微流体隔室化装置。

19.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中将所述复合物进行隔室化的所述一种或多种试剂包括其中稀释了复合物的微量滴定板孔。

20.根据权利要求1至13、18和19中任一项所述的方法，其中在核酸扩增反应中将条形码寡核苷酸整合到所述隔室化的复合物的分离的核酸中。