[发明专利]用于下一代测序仪的引物及其制备方法,通过使用用于下一代测序仪的引物得到的DNA文库及其制备方法,以及使用DNA文库的DNA分析方法在审
| 申请号: | 201880083369.X | 申请日: | 2018-12-21 |
| 公开(公告)号: | CN111542618A | 公开(公告)日: | 2020-08-14 |
| 发明(设计)人: | 榎宏征;竹内由枝;稻森稔 | 申请(专利权)人: | 丰田自动车株式会社 |
| 主分类号: | C12Q1/6876 | 分类号: | C12Q1/6876;C12N15/11;C40B40/06 |
| 代理公司: | 北京市中咨律师事务所 11247 | 代理人: | 张莉;黄革生 |
| 地址: | 日本*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 用于 下一代 测序仪 引物 及其 制备 方法 通过 使用 得到 dna 文库 以及 分析 | ||
1.用于下一代测序仪的引物,其包含核苷酸序列5'-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT(SEQID NO:1)-N5至15-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:2)-3',其中N5至15表示5至15个核苷酸的索引序列,且该索引序列被设计为表现出推定读段数量超过给定水平的核苷酸序列,其中所述推定读段数量基于将读段数量指定为目的变量并将索引序列中的核苷酸类型指定为解释变量的估算公式计算得出。
2.根据权利要求1的用于下一代测序仪的引物,其中索引序列由8个核苷酸组成(N:8;SEQ ID NO:67)。
3.根据权利要求1的用于下一代测序仪的引物,其中所述估算公式包括以下项,所述项包括核苷酸的类型、以及基于其的与构成索引序列的核苷酸数量N有关的系数。
4.根据权利要求1的用于下一代测序仪的引物,其中给定水平为15,000至25,000。
5.根据权利要求1的用于下一代测序仪的引物,其包含选自由SEQ ID NO:262至963组成的组的核苷酸序列。
6.一种用于下一代测序仪的引物的制备方法,包括:
计算步骤,其中针对用于下一代测序仪的包含核苷酸序列5'-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT(SEQ ID NO:1)-N5至15-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:2)-3'的引物,其中N5至15表示5到15个核苷酸的索引序列,依照其中读段数量被指定为目的变量且索引序列中的核苷酸类型被指定为解释变量的估算公式,基于索引序列的核苷酸序列,计算推定读段数量,从而将核苷酸序列设计为索引序列的核苷酸序列,其中据其计算的推定读段数量超过给定水平的;和
合成步骤,其中合成包含上述步骤中设计的索引序列的核苷酸序列。
7.根据权利要求6的用于下一代测序仪的引物的制备方法,其中索引序列由8个核苷酸(N:8;SEQ ID NO:67)组成。
8.根据权利要求6的用于下一代测序仪的引物的制备方法,其中估算公式包括以下项,所述项包括核苷酸类型、以及基于其的与构成索引序列的核苷酸数量N有关的系数。
9.根据权利要求6的用于下一代测序仪的引物的制备方法,其中给定水平为15,000至25,000。
10.根据权利要求6的用于下一代测序仪的引物的制备方法,其中选自由SEQ ID NO:262至963组成的组的核苷酸序列中25至32位核苷酸的序列被设计为索引序列的核苷酸序列。
11.包含DNA片段的DNA文库,所述DNA片段在DNA分析物的一端包含权利要求1至5中任一项的用于下一代测序仪的引物的核苷酸序列。
12.根据权利要求11所述的DNA文库,其中所述DNA分析物是经由核酸扩增获得的片段或经由基因组DNA片段化获得的片段。
13.根据权利要求11所述的DNA文库,其中所述DNA分析物是通过在含有基因组DNA和高浓度随机引物的反应溶液中进行核酸扩增反应而获得的片段,其中所述随机引物在5'末端包含与所述用于下一代测序仪的引物的3'末端核苷酸序列互补的核苷酸序列。
14.一种DNA文库的制备方法,其包括进行核酸扩增反应的步骤,该反应使用上述权利要求1至5中任一项所述的用于下一代测序仪的引物、以及在5'末端包含与所述用于下一代测序仪的引物的3'末端核苷酸序列互补的核苷酸序列的DNA分析物。
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