[发明专利]用于基于核酸实时确定疾病状态的方法和装置

权利要求书

1.用于在对象中确定微生物的存在的方法，其包括：

(a)对从所述对象获得的生物样品中存在的核酸进行测序以获得多个核酸序列读取；

(b)将步骤(a)中获得的序列读取与一个或更多个数据库进行比较以确定所比较的序列读取是否映射至所述一个或更多个数据库中包含的物种，所述一个或更多个数据库包含来自同一物种的对照对象的遗传信息和来自多种微生物的遗传信息；以及

(c)随时间推移确定映射至特定微生物的所比较的序列读取的数目和映射至物种的所比较的序列读取的数目。

2.用于在对象中确定微生物的存在的方法，其包括：

(a)将序列读取与一个或更多个数据库进行比较以确定所比较的序列读取是否映射至所述一个或更多个数据库中包含的物种，所述一个或更多个数据库包含来自同一物种的对照对象的遗传信息和来自多种微生物的遗传信息，其中所述序列读取是通过对从所述对象获得的生物样品中存在的核酸进行测序而获得的；以及

(b)随时间推移确定映射至特定微生物的所比较的序列读取的数目和映射至物种的所比较的序列读取的数目。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法还包括基于映射至所述特定微生物的所比较的序列读取的数目和映射至物种的所比较的序列读取的数目，计算在所述对象中发现映射至所述特定微生物的所比较的序列读取的概率的显著性评分。

4.用于在对象中确定微生物的存在的方法，其包括以下步骤：

基于映射至特定微生物的序列读取的数目和映射至物种的序列读取的数目，随时间推移计算在所述对象中发现映射至所述特定微生物的序列读取的概率的显著性评分，

其中所述映射至所述特定微生物的序列读取和所述映射至物种的序列读取是通过以下获得的：将序列读取与一个或更多个数据库进行比较以确定所比较的序列读取是否映射至所述一个或更多个数据库中包含的物种，所述一个或更多个数据库包含来自同一物种的对照对象的遗传信息和来自多种微生物的遗传信息，并且其中所述序列读取是通过对从所述对象获得的生物样品中存在的核酸进行测序而产生的。

5.用于在对象中确定微生物的存在的方法，其包括：

(a)随时间推移确定映射至特定微生物的序列读取的数目和映射至物种的序列读取的数目的步骤，其中所述序列读取是通过以下获得的：将序列读取与一个或更多个数据库进行比较以确定序列读取是否映射至所述一个或更多个数据库中包含的物种，所述一个或更多个数据库包含来自同一物种的对照对象的遗传信息和来自多种微生物的遗传信息，并且其中所述序列读取是通过对从所述对象获得的生物样品中存在的核酸进行测序而产生的；以及

(b)基于映射至所述特定微生物的序列读取的数目和映射至物种的序列读取的数目，计算在所述对象中发现映射至所述特定微生物的序列读取的概率的显著性评分。

6.根据权利要求3至5中任一项所述的方法，其中当针对所述特定微生物的所述显著性评分达到或超过阈值时，确定所述特定微生物存在于所述对象中。

7.根据权利要求3至5中任一项所述的方法，其中当针对所述特定微生物的所述显著性评分达到或超过阈值时，确定所述特定微生物与在所述对象中引起疾病相关。

8.根据权利要求7所述的方法，其中当针对所述特定微生物的显著性评分在少数序列读取就超过阈值时，由于所述微生物的存在而引起的疾病被认为是严重的。

9.用于在对象中确定疾病状态的存在的方法，其包括：

(a)对从所述对象获得的生物样品中存在的核酸进行测序以获得多个核酸序列读取；

(b)将步骤(a)中获得的序列读取与一个或更多个数据库进行比较以确定所比较的序列读取是否映射至对照对象，所述一个或更多个数据库包含来自同一物种的所述对照对象的遗传信息；以及

(c)随时间推移确定映射至和未映射至所述对照对象的所比较的序列读取的数目。