[发明专利]用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋能力的SNP分子标记及其应用，通过限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法与母鸡产蛋后期产蛋率的关联分析，首次在母鸡基因组第18号染色体长链非编码RNA 8138.1基因上筛选到1个与母鸡产蛋后期产蛋率显著关联的SNP分子标记，该染色体第4937159（Galgal 4.0）位碱基呈现多态性，其碱基为A或G，所述的SNP分子标记用于选择和改良母鸡的产蛋后期产蛋率。

技术领域

本发明属于家畜繁殖性状的分子标记选择技术领域，具体涉及1个与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

母鸡的产蛋后期产蛋率是指母鸡淘汰前2个月产蛋总个数占产蛋总天数的百分率。从整个产蛋群体的产蛋率来看，产蛋高峰期过后，产蛋率以大约每周1％的速度下降，下降的原因有2种：一是整个群体的所有母鸡个体产蛋率均匀下降，导致整体产蛋率下降；二是群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降。申请人通过对2个群体(群体1:858只，群体2:1042只有效个体)，共1900只的淘汰前2个月的个体产蛋记录的分析，发现群体产蛋率下降属于第二种情况，即：群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降，我们发现部分母鸡到淘汰时仍然有95-100％的产蛋率。在生产中如果能够对产蛋率高的母鸡进行选择，可延长母鸡高峰期的时长，降低饲养成本增加生产效益。该项研究工作在国家基金(项目编号：31372301)、自主创新基金重大培育项目(2662018PY088)、西藏自治区重点研发及转化计划(CGZH2017000237)资助下完成。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用，通过限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)分析发现18号染色体长链非编码RNA 8138.1基因多态性与母鸡产蛋后期产蛋率相关联。

为了实现上述目的，本发明通过以下技术方案实现：

用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记，位于18号染色体长链非编码RNA8138.1基因，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基为A或G，GG基因型是母鸡产蛋后期产蛋率的有利标记。

上述SNP分子标记通过下述方法筛选获得：

1)实验样品采集：采集试验鸡血样用于DNA提取；

2)母鸡产蛋后期产蛋率的测定：淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率；

3)鸡基因组DNA的提取与检测：从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，制备母鸡全基因组DNA样品；

4)基因型判定及基因型与鸡产蛋后期产蛋率的关联分析：在研究母鸡贮精能力的过程中，发现Long non-coding RNA 8138.1(lncRNA8183.1)在高低贮精能力母鸡阴道子宫结合部贮精管中的表达存在差异，该基因可能与母鸡产蛋率相关，测序发现在该lncRNA的基因组序列中有一个SNP分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基为A或G，导致了HindIII酶切位点的改变，进一步利用PCR-RFLP技术检测发现的SNP位点在母鸡群体中的分布，以验证该SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率的相关性。

对1900只母鸡进行了产蛋后期产蛋率的测定和PCR-RFLP分析，证实了这个SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率极显著关联(P0.0001)，SNP位点的等位基因均为G，则是母鸡产蛋率的有利标记，可以用于母鸡产蛋后期产蛋率的选择及改良。

与现有技术相比，本发明具有以下优点及有益效果：