[发明专利]气泡检测方法及系统、基因测序仪、计算机可读存储介质

说明书

本发明提供一种气泡检测方法，包括：获取图像A、图像G、图像C，以及图像T，所述图像A和图像G由同一台相机拍摄获得，所述图像C和图像T由同一台相机拍摄获得；对图像A和图像G做帧差处理以及对图像C和图像T做帧差处理，获得两张侦差图像；对每张帧差图像进行二值化处理；对二值化后的两张图像取并集获得并集图像；提取并集图像的连通区及连通区的参数信息；及根据连通区的参数信息来确定连通区是否为气泡区域。本发明还提供一种气泡检测系统、实现所述气泡检测方法的基因测序仪、及存储介质。本发明可以准确地对荧光图像是否存在气泡进行检测，使得基于该荧光图像的测序结果更加准确。

技术领域

本发明涉及基因测序荧光图像分析领域，具体涉及一种气泡检测方法及系统、基因测序仪、及计算机可读存储介质。

背景技术

本部分旨在为权利要求书及具体实施方式中陈述的本发明实施例的实施方式提供背景或上下文。此处的描述不因为包括在本部分中就承认是现有技术。

基因测序是指分析特定DNA片段的碱基序列，即腺嘌呤(A),胸腺嘧啶(T)，胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)的排列方式。二代测序技术又称为大规模平行测序或者深度测序，以其高通量，低成本，较高的测序准确性的特点，在临床和科研应用中最为广泛。二代测序技术采用高分辨显微成像，通过光学系统和相机采集到测序芯片上DNA纳米球(即DNB，DNANanoballs)的荧光分子图像，将荧光分子图像送入碱基识别软件解码图像信号得到碱基序列。

对于某些以浸泡方式测序的设备，在装载测序芯片的初期需要在测序芯片表面覆盖一层拍照试剂(image reagent)，而后用镜头去抹平，在抹平的过程中，如果镜头前的盖玻片因工艺的原因存在凹点，则容易形成气泡，且此气泡在很多FOV(Field of View，也称为视野)中都会存在，极大的影响了测序质量。

发明内容

鉴于以上内容，有必要提出一种气泡检测方法及系统、基因测序仪、及计算机可读存储介质，用以检测测序图像是否存在气泡区域。

本发明的第一方面提供一种所述方法包括：

获取四张图像，所述四张图像包括所述图像A、图像G、图像C，以及图像T，其中，所述图像A和图像G由同一台相机拍摄获得，所述图像C和图像T由同一台相机拍摄获得；

对所述图像A和图像G作帧差处理，获得第一帧差图像，以及对所述图像C和图像T作帧差处理，获得第二帧差图像；

利用预设的图像二值化算法对所述第一帧差图像作二值化处理，获得第一图像bw_AG，利用所述预设的图像二值化算法对所述第二帧差图像作二值化处理，获得第二图像bw_CT；

计算所述第一图像bw_AG和第二图像bw_CT的并集，获得并集图像，利用膨胀和腐蚀算法对所述并集图像进行处理，获得膨胀腐蚀处理后的图像bw；

在所述图像bw找出连通区；

提取每个连通区的参数信息；及

将所提取的每个连通区的参数信息分别与预设值进行比较，来确定每个连通区是否为气泡区域。

优选地，在对所述图像A和图像G作帧差处理之前还包括步骤：

将所述图像A、图像G作亮度归一化处理；

在对所述图像C和图像T作帧差处理之前还包括步骤：

将所述图像C和图像T作亮度归一化处理。

优选地，该方法还包括步骤：

当确定某个连通区为气泡区域时，按照预设的第一方式发出提示；及

当没有任何连通区确定为气泡区域时，按照预设的第二方式发出提示。