[发明专利]一种核酸序列比对的方法

权利要求书

1.一种核酸序列比对的方法，包括如下步骤：

(1)获取与输入序列类似性积分最高的参考序列；

(2)从所述参考序列中截取与输入序列等长的若干个比对序列；

(3)将输入序列分别和比对序列比对，获取输入序列与各个比对序列的匹配信息；

(4)根据步骤(3)获取的匹配信息，获取比对序列的比对得分；

比对得分越高，则输入序列和该比对序列的相似度越高；

所述步骤(4)包括如下步骤：

(4-1)根据步骤(3)获取的匹配信息，按照罚分规则1获得各个比对序列的罚分值；然后选择罚分值为3以下的比对序列进行如下步骤，获得比对得分：

(4-1-1)根据输入序列和各个罚分值为3以下的比对序列的匹配结果，获得相应的匹配分值；每个匹配碱基计1分；

(4-1-2)获得各个罚分值为3以下的比对序列的比对得分；比对得分＝匹配分值-罚分值；

(4-2)根据步骤(3)获取的匹配信息，将输入序列分为四个区段，分别为5’末端的第1-2个碱基组成的输入区段S1、A个碱基组成的输入区段A、B个碱基组成的输入区段B和3’末端的第1-2个碱基组成的输入区段S2；A和B均为1以上的自然数；

输入区段A与输入区段B相邻的一端有C个碱基与步骤(1)获取的参考序列完全匹配；输入区段B与输入区段A相邻的一端有D个碱基与步骤(1)获取的参考序列完全不匹配；C为自然数且1＜C≤A；D为自然数且1＜D≤B；

(4-3)按照如下步骤进行插入比对；

(4-3-1)从步骤(1)获取的参考序列中截取并组装与输入序列等长的若干个比对序列；每个比对序列由第1-2个碱基组成的比对区段V1、A个碱基组成的比对区段A、一个空格、B-1个碱基组成的比对区段C和第1-2个碱基组成的比对区段V2组成；其中空格在比对区段A和比对区段C之间；A和B均为1以上的自然数；

比对区段A与空格相邻的一端的C个碱基与所述输入区段A中与输入区段B相邻的一端的C个碱基完全匹配；

(4-3-2)将输入序列分别和步骤(4-3-1)获得的比对序列比对，获取输入序列与各个比对序列的匹配信息；

(4-3-3)根据步骤(4-3-2)获取的匹配信息，按照罚分规则2获得各个比对序列的罚分值；选择罚分值为3以下的比对序列进行如下步骤，获得比对得分：

①根据输入序列和各个罚分值为3以下的比对序列的匹配结果，获得相应的匹配分值；每个匹配碱基计1分；

②获得各个罚分值为3以下的比对序列的比对得分；比对得分＝匹配分值-罚分值；

(4-4)按照如下步骤进行缺失比对；

(4-4-1)向输入序列的输入区段A和输入区段B的中间添加一个空格，作为新的输入序列；

(4-4-2)步骤(1)获取的参考序列中截取与新的输入序列等长的若干个比对序列；每个比对序列由第1-2个碱基组成的比对区段V3、A个碱基组成的比对区段A、B+1个碱基组成的比对区段D和第1-2个碱基组成的比对区段V4组成；A和B均为1以上的自然数；

比对区段A与比对区段D相邻的一端的C个碱基与所述输入区段A中与输入区段B相邻的一端的C个碱基完全匹配；

(4-4-3)将新的输入序列分别和步骤(4-4-2)获得的比对序列比对，获取新的输入序列与各个比对序列的匹配信息；

(4-4-4)根据步骤(4-4-3)获取的匹配信息，按照罚分规则2获得各个比对序列的罚分值；选择罚分值为3以下的比对序列进行如下步骤，获得比对得分：

③根据新的输入序列和各个罚分值为3以下的比对序列的匹配结果，获得相应的匹配分值；每个匹配碱基计1分；

④获得各个罚分值为3以下的比对序列的比对得分；比对得分＝匹配分值-罚分值。