[发明专利]一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记为Br_K_070103，该Br_K_070103位于不结球白菜第7号染色体第201813113位碱基处，该处碱基为G的不结球白菜表现为抗病，该处碱基为T的不结球白菜表现为感病。本发明应用KASP技术对所找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、准确的检测不结球白菜对根肿病的抗性，大幅提高遗传转育效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，便于操作，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染，以及对人体的危害。

技术领域

本发明属于SNP分子标记技术领域，具体涉及一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用。

背景技术

传统系谱法选育方法是不结球白菜育种家们普遍采用的育种方法，通过育种家们多年的努力，培养和创制了大量的优质、高产和抗病的不结球白菜新品种。然而，结合表型鉴定的传统育种模式存在表型把控不准、遗传群体需求量大、人力成本高、育种周期长等缺陷，很难实现大规模商业化集成育种或是材料遗传育种的改良。伴随着分子生物学和生物信息学的发展，分子标记辅助育种选择(Molecular Assisted Selection,MAS)显示了巨大的技术优势，实现了遗传基础与目标现状的有效结合，选择含有目标基因的材料(单株)进行配组，实现了目标性状的精准改良，能有效回避传统育种方法的技术壁垒。

单个核苷酸变异(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在物种的基因组上广泛存在，包括：单个碱基的转换或颠换、单个碱基(片段)插入或是缺失等形式，针对这些多态性位点逐步兴起了新一代的SNP分子标记技术。针对控制目标性状的基因开发功能SNP标记，将性状与基因型相关联，进而实现高效、精准育种。现阶段，适用于SNP标记的检测手段主要是凝胶电泳、荧光定量PCR和竞争性等位基因PCR(Kompetitive Allele SpecificPCR,KASP)。本发明所开发的标记适用于KASP方法检测SNP位点，该方法已经陆续应用于分子辅助育种、目标性状基因定位、种子纯度及真实性鉴定等工作，具有成本低、通量高、实验操作安全和荧光信号采集数据准确等优势。

根肿病是由芸苔根肿菌(plasmodiophora brassicae Woron)侵染引致的十字花科作物根部病害，传染性极强，能随种子、肥料、雨水、灌溉水、虫害、鼠害、农事操作等多种途径传播，病原菌在土壤或种子上越冬，可在土壤中存活10年以上，病菌在9～23℃均可发育，土壤含水量70％～90％最易发病。根肿菌侵染植株后首先影响根毛的发育，几周后进入根的外皮层和中柱细胞，在这个过程中根肿菌在细胞内繁殖，导致根组织异常增生，在增生部位膨大形成瘤状的肿根，肿根的出现影响根系水分、物质和能量的运输能力，受侵染的植物生长发育迟缓，使植株萎蔫、黄化和落叶，甚至整株死亡。不结球白菜是上海、长江中下游及以南地区，人们每日必食的、不可缺少的大众化蔬菜。近年来，不结球白菜根肿病的发病趋势越来越严重，给种植户造成了巨大的经济损失。根肿病的发病受到环境因素较大，且进行田间和室内鉴定费时费力，鉴定后的基质处理也给环境和根肿病菌的二次传播带来问题，因此，开发适用于苗期高通量鉴定不结球白菜植株与抗根肿病性状紧密连锁的SNP分子标记，有助于快速、有效地检测不结球白菜对根肿病的抗性，有助于大规模的商业化分子育种，具有良好的应用前景和经济价值。

发明内容

本发明的目的是，提供一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用。

本发明为上述目的所采用的技术方案如下：

一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记，所述SNP分子标记为Br_K_070103，该Br_K_070103位于不结球白菜第7号染色体第201813113位碱基处，该处碱基为G的不结球白菜表现为抗病，该处碱基为T的不结球白菜表现为感病。