[发明专利]基于毛干蛋白质组nsSNP进行人群来源推断的方法

说明书

本发明公开了基于毛干蛋白质组nsSNP进行人群来源推断的方法。本发明选取104个中国汉族样本和105个中国维吾尔族样本的毛干样本进行了毛干蛋白质组的提取，通过质谱检测毛干蛋白质组，筛选得到772个包含SAP的特异性多肽序列，对应703个SAP位点，并将所述SAP位点与千人基因组数据库中的SNP位点关联进而反推得到527个nsSNP位点组合。通过实验证明，本发明提供的nsSNP位点组合可用于非洲、东亚和欧洲三大人群推断。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体基于毛干蛋白质组nsSNP进行人群来源推断的方法。

背景技术

随着法医DNA检验技术的发展和进步，常见血液/斑、唾液/斑、精液/斑、脱落细胞、带毛囊的毛发、甚至骨骼都能获得STR分型。然而，毛干由角质化细胞组成，细胞核DNA含量非常低而且降解严重，虽然也有报道采用低扩增体系、增加循环次数和多次平行扩增的方法可以获得部分STR分型，但是由于其准确性和稳定性差而未在案件检验中应用。目前对于毛干的检验方法是通过测序的方法检测线粒体DNA的高变区的碱基差异，存在识别率不高(数值)、具有异质性、只能排除不能认定等缺点，限制了其在法医检验鉴定中的应用。

与毛干中的核DNA相比，蛋白质要更加稳定，可以长期保持稳定。与基因组DNA类似，在不同的个体中，蛋白质序列存在一定的差异，是由于编码基因上的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphism，nsSNP)通过转录翻译后形成的，称作单氨基酸多态性(single amino acid polymorphisms，SAP)。液质联用的串联质谱法鉴定蛋白质是目前蛋白质组学研究的首选平台。蛋白质经胰酶消化形成的肽段先进入液相色谱进行分离，再进行质谱检测，从而鉴定出特异性多肽序列。研究显示可以通过质谱方法检测获得SAP的特异性多肽，这种特异性多肽被称为遗传多样性多肽(geneticallyvariant peptides，GVP)。

基因组中SNP作为法医遗传学的新的遗传标记，目前已经用于法医人群推断，研究报道了大量人群推断体系，在洲际范围内，不仅可以实现非洲、东亚和欧洲三大人群推断，而且Kidd等的55个SNP组合可以实现七个洲际人群的区分(非洲、欧洲、西南亚、南亚、东亚、大洋洲、美洲)。目前，利用外显子中的nsSNP开展人群推断研究非常少。一项美国的外显子测序计划(Exome Sequencing Proiect，ESP)包含约2203非裔美国人和4300欧裔美国人，分析显示nsSNP在欧美人群频率具有较好的杂合度，其中35000个nsSNPs位点最小等位基因频率大于0.8％。

发明内容

本发明的第一个目的是提供用于区分非洲、东亚和欧洲三大人群的nsSNP位点组合。