[发明专利]一种鸡HS6ST3基因43bp indel多态性标记及其应用、检测引物、试剂盒

说明书

本发明涉及一种鸡HS6ST3基因43bp indel多态性标记及其应用、检测引物、试剂盒，属于分子遗传学育种技术领域。本发明发现了HS6ST3基因第1内含子中存在一个43bp indel多态性标记，该43bp突变多态标记与鸡12周龄胫围、6周体重等多种经济性状显著相关，可用于鸡的辅助选择和分子育种。具体的：根据SEQ ID NO.1所示的序列设计扩增片段包含该序列5‘端起的第176‑218位的引物，根据扩增产物的大小判断第176‑218位是插入/缺失，通过加强对第176‑218位纯合缺失的优势基因型个体的选育来提高地方、商品鸡的经济效益，该方法无需酶切、易于分辨、判型准确、操作简单、成本低、周期短。

技术领域

本发明涉及一种鸡HS6ST3基因43bp indel多态性标记及其应用、检测引物、试剂盒，属于分子遗传学育种技术领域。

背景技术

目前，随着对畜禽生长和饲料效率的选育，畜禽的生产性能得到了很大的提高，畜禽的肉质满足了人类稳定蛋白摄入的需要，成为了人类生活所必需的物质基础。但是，对家禽的不利选育又会导致某些优势基因型的丢失，而在低选育的地方鸡中仍然保留着某些优势基因型。因此，我们可以在确保地方种质资源优质性状的前提下，对地方鸡的生长速度、产蛋率得以改善，进一步对畜禽遗传资源进行保护开发利用。

6-O硫酸基转移酶(HS6ST)是一种专一性硫酸化修饰硫酸乙酰肝素蛋白聚糖(HSPG)糖链上6-O糖基位点的酶，共有四种亚型(HS6STl、HS6ST2、HS6ST2S、HS6ST3)，硫酸乙酰肝素6-O-磺基转移酶3(HS6ST3)基因参与硫酸乙酰肝素、肝素代谢。研究表明，该基因参与脂质代谢过程并导致疾病。Jiang et al使用牛作为生物模型研究该基因与脂质代谢调节的关联，他们得出特定的6-O-硫酸盐基团在脂蛋白结合和摄取中起着重要作用(JiangZ,Michal J J, Wu X L,et al.The heparan and heparin metabolism pathway isinvolved in regulation of fatty acid composition.International Journal ofBiological Sciences,2011,7(5):659-63.)。另有研究分别分析了中国台湾人群和高加索人中HS6ST3基因的新型SNP突变与糖尿病视网膜病变的易感性和肥胖、甘油三酯的遗传关联(Wang K S,Wang L,Liu X,et al.Association of HS6ST3 gene polymorphisms withobesity and triglycerides:gene x gender interaction.Journal of Genetics,2013,92(3):395.Huang Y C,Lin J M,Lin H J,et al.Genome-wide Association Study ofDiabetic Retinopathy in a Taiwanese Population.Ophthalmology,2011,118(4):642.)。然而，HS6ST3基因在畜禽生长和胴体性状方面的研究较少，在鸡上还没有基因多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种鸡HS6ST3基因第1内含子43bp indel多态性标记，该标记与鸡的生长性能及屠体性状相关性高。

本发明还提供了上述多态性标记的应用。

本发明还提供了上述HS6ST3基因第1内含子43bp indel多态性标记的检测引物及检测试剂盒。

本发明通过鉴定HS6ST3基因的序列变异并探讨HS6ST3基因是否可作为分子标记来选择家禽体重指标或其他生产性状，为鸡分子育种提供理论依据。

为了实现上述目的，本发明所采用的技术方案是：

一种鸡HS6ST3基因第1内含子43bp indel多态性标记，其核苷酸序列如SEQ IDNO.1 所示，5‘端起第176-218位存在插入或缺失。