[发明专利]用于髓母细胞瘤分子分型的基因群以及SNCA基因作为4型髓母细胞瘤的生物标志物的用途

说明书

本发明公开了一种用于髓母细胞瘤分子分型的基因群，所述基因群由总共32个基因中的一个或多个组成。本发明还公开了用于对髓母细胞瘤进行分子分型的试剂盒，以及该基因群在制备用于对髓母细胞瘤进行分子分型的试剂中的用途。此外，本发明还提供了SNCA基因作为髓母细胞瘤的诊断或诊断标志物的用途。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2017年4月20日的申请号为201710260539.4的中国专利申请的权益，在此将其全部内容引入作为参考。

技术领域

本发明为生物技术领域，具体而言，本发明涉及一种可用于对髓母细胞瘤进行分子分型的基因群及其用途以及SNCA基因的新用途。

背景技术

髓母细胞瘤(medulloblastoma，MB)是儿童常见的恶性小脑胚胎性肿瘤。随着研究的不断深入，已发现髓母细胞瘤不是一种单一的疾病，目前公认它可以分为4种主要的分子亚型，即Wnt型(Wnt sungroup)、Shh型(Sonic hedgehog subgroup)、3型(3型)和4型(4型)，这些分子亚型在转录谱、细胞遗传学、流行病学、临床以及预后等方面都表现出各自不同的特点。其中，Wnt型患者预后最好，可以适当减少放化疗剂量，尽可能保护患儿的神经系统功能；3型患者中许多患者存在MYC基因扩增，预后最差，需要增加治疗强度以延长患者的生存时间。因此，对髓母细胞瘤的分型进行研究对于阐明发病机制、开展临床试验的、研发靶向治疗药物、改进临床治疗方案、分层管理危险以及个体化治疗都有重要意义。

在病理实验室，福尔马林固定、石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded，FFPE)的标本是最常见的保存组织样本的方法，如果能够利用这种标本进行分子亚型的检测无疑会带来很大的便利，并且有利于对以往保存的标本进行研究。加拿大研究者应用nanoString nCounter技术建立了一种基于FFPE标本的MB分子亚型检测方法，这种方法可以利用从FFPE标本中提取到的已降解为小片段的RNA，通过序列特异的探针检测特定RNA的表达水平，对样本进行分子亚型的检测。这种方法对RNA的数量要求较少(100-200ng)，不需要酶促扩增，检测结果与利用基因组转录芯片分析获得的数据有较高的一致性，在近8年的FFPE标本中准确性≥95％，比较可靠、快速而且可重复性高，费用相对较低，适合在临床试验中应用。

基于nanoString nCounter技术，目前利用22个与MB分子亚型相关基因建立了针对髓母细胞瘤的分子亚型检测方法，该方法已被国际上公认为是对髓母细胞瘤进行分子亚型检测的金标准。然而，该方法仍有一定的局限性：该基因组合仅限于将MB中4个分子亚型进行诊断性区分，但没有进一步提供有关基因靶向治疗的潜在分子靶点和判断患者预后的信息；同时，该组合提供的的分子标志物仅基于RNA水平，而没有通过蛋白水平进行验证，从而限制了相关分子标志物在常规免疫组化方法中的应用前景。因此，本领域不仅需要找到更多的能够与髓母细胞瘤不同亚型显著相关的基因，以实现适用范围更广、检测方法更为多样地识别髓母细胞瘤分子亚型，而且应该整合更多以临床基因靶向治疗和预后判断为目标的基因，从而有助于实现开展有效检测与个性化用药，真正实现对患者的精准治疗。

此外，针对占患病人群比例最大的4型MB，目前尚缺少具有高特异性、高灵敏度的诊断标志物。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明的发明人在已有22个标志基因的基础上，对大量可能与肿瘤诊断和靶向治疗相关的分子标志物进行了筛选，以期将不同MB亚型的更多潜在的特异性生物标志物整合到NanoString平台中，从而改善分型和诊断效率，并从中发现MB的新型治疗靶标。