[发明专利]与三七总根重紧密连锁的SNP分子标记及其应用

权利要求书

1.用于检测三七基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的试剂或含有所述试剂的试剂盒在鉴定或辅助鉴定待测三七的总根重性状中的应用；

所述SNP位点为：以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；

在所述应用中，TT基因型的待测三七的总根重大于或候选大于CC基因型的待测三七，CT基因型的总根重介于两者之间；

所述总根重性状体现为鲜总根重。

2. 根据权利要求1所述的应用，其特征在于：用于检测三七基因组中所述SNP位点的单核苷酸多态性的试剂为由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对。

3.一种鉴定或辅助鉴定待测三七的总根重性状的方法，包括如下步骤：检测待测三七的基因组中如下SNP位点处的核苷酸，以确定所述待测三七的基因型，根据所述待测三七的基因型按照如下规律确定待测三七的总根重性状：TT基因型的待测三七的总根重大于或候选大于CC基因型的待测三七，CT基因型的总根重介于两者之间；

所述SNP位点为：以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；

所述TT基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为T的纯合型；

所述CC基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为C的纯合型；

所述CT基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为C和T的杂合型；

所述总根重性状体现为鲜总根重。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：检测所述待测三七的基因组中所述SNP位点处的核苷酸的方法为测序分析；所述测序分析包括PCR扩增和对所述PCR扩增所得产物进行测序两个步骤；所述PCR扩增的模板为所述待测三七的基因组DNA，所用的引物对满足如下条件：以待测三七的基因组DNA为模板进行PCR扩增所得扩增产物含有所述SNP位点处的核苷酸。

5. 根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述引物对为由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对。

6. 培育总根重增加的三七品种的方法，包括选择TT基因型或CT基因型的三七进行育种的步骤；所述TT基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为T的纯合型；所述CT基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为C和T的杂合型；

所述总根重为鲜总根重。

7. 鉴定和过滤总根重小的三七品种的方法，包括从待鉴定三七群体中过滤掉CC基因型的三七的步骤；所述CC基因型为以三七基因组DNA为模板，采用由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第199位核苷酸为C的纯合型；

所述总根重为鲜总根重。