[发明专利]一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用，所述的SNP分子标记来源基因的转录组序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端，在该序列的7104位和7170位存在SNPg.7104GC和SNPg.7170CA两个SNP位点。本发明公开的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受瓦氏黄颡鱼的年龄、性别等限制，可用于瓦氏黄颡鱼的早期选育，显著促进瓦氏黄颡鱼的育种进程，且方法准确可靠，操作简便。

技术领域

本发明涉及一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用，属于黄颡鱼遗传育种领域。

背景技术

瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)又名江黄颡鱼，俗称江颡，属鲶形目(Siluriformes)，鲿科(Bagridae)，黄颡鱼属(Pelteobagrus)，是该属中个体最大的种类，也是长江流域一种重要的经济鱼类。因其味道鲜美、肉质细嫩、无肌间刺，深受消费者和养殖户喜爱，是我国重要的淡水名优经济鱼类，具有良好的养殖前景。但是在生产的过程中苗种出现生长速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象。良种问题已成为制约瓦氏黄颡鱼养殖业稳定发展的主要因素之一。因此，培育出具有生长快、产量高等优良生长性状的新品系是保障瓦氏黄颡鱼养殖业可持续发展的必要条件。

分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，为鱼类育种开辟了一条新的途径，并表现出其独特的优越性。单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphisms,SNPs)标记作为第三代分子标记具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点,已广泛应用于动植物分子育种研究领域。但目前尚未见到有关瓦氏黄颡鱼与生长相关IGF-2R基因的SNPs研究报道。

发明内容

发明目的：针对上述技术问题，本发明的第一个目的是提供一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，即利用瓦氏黄颡鱼IGF-2R基因编码区上与生长性状显著相关的两个SNP位点进行分子标记辅助育种。

本发明第二个目的是提供用于检测上述SNP分子标记的一对引物。

本发明的第三个目的是提供上述SNP分子标记的应用。

技术方案：本发明公开了一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记来源基因(IGF-2R基因)的转录组序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端，在该序列的7104位和7170位存在SNPg.7104GC和SNPg.7170CA两个SNP位点，即所述SNP位点位于SEQID NO:1上第7104位，碱基为G或C，以及SEQ ID NO:1上第7170位，碱基为C或A。

所述SNPg.7104GC位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170CA位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于CA基因型个体。

用于检测所述的SNP分子标记的引物对，其上游引物序列为5’-CGGACGAGGACGGCTG-3’(SEQ ID NO:2)；下游引物序列为5-’TCAGACTTTAAGGAGGTCCTCGTCG-3’(SEQ ID NO:3)。

用于检测所述SNP分子标记的试剂盒，其包含所述的引物对。

所述的SNP分子标记、所述的引物对或所述的试剂盒在瓦氏黄颡鱼选育中的用途。

一种检测瓦氏黄颡鱼生长性状的方法，包括通过对待测瓦氏黄颡鱼进行所述的SNP分子标记的检测，确定所述待测瓦氏黄颡鱼的生长性状，包括体重、体长、全长和眼间距。

所述检测瓦氏黄颡鱼生长性状的方法，具体包括以下步骤：

a)瓦氏黄颡鱼群体的获得；